明朝的軍隊建制是衛下轄千戶所，千戶所下轄百戶所，百戶所下轄總旗，總旗下轄小旗，小旗是最基本的作戰單位。在正規軍的394個衛所中，有65個守御千戶所是獨立建制，不受衛的約束，它們一般都分布在要害地區或兩衛之間無法銜接的部位。通常情況下一衛統轄五個所，兵員5600人；衛的指揮機關叫“指揮使司”，設指揮使一人，正三品指揮同知二人，從三品指揮僉事四人，正四品衛鎮撫二人，從五品經歷一人，從七品知事一人，正八品吏目一人，從九品倉大使、副使各一人，各司其職，逐級負責。一個千戶所下轄十個百戶所，兵員1120人；千戶所設正千戶一人，正五品副千戶二人，從五品所鎮撫（鎮撫是專管軍紀的官員，百戶缺員時可代百戶行使職權）二人，從六品吏目一人，與65個獨立的守御千戶所的官兵配置大體相同。一個百戶所下轄兩個總旗，兵員112人；百戶所設正六品百戶一人，從六品試百戶一人。總旗下轄五個小旗，兵員56人；小旗管轄10名士兵。
明朝的衛所分內衛和外衛，外衛的管理機構叫都司，省級管理單位叫都指揮使司，簡稱都司，明初按地域劃分都司使司23個，所轄衛所347個，分別隸屬于五軍都督府（即前后左右中五軍）直轄于兵部。內衛分京營和親軍都護府，京營又分南京京營和北京京營，共設衛35個，主要負責京師的守備；親軍都護府設衛12個，主要負責皇宮的守衛、皇帝的護駕等項事宜，親軍都護府由皇帝直接指派的親信大臣統轄，不受兵部領導。親軍都護府的第一衛叫錦衣衛，下轄17所，主要負責皇帝出行的護駕、護衛、儀仗和皇帝交辦的緝捕刑獄、密偵查抄等項事宜，在錦衣衛中由皇帝欽典忠誠奉守，武功高強者180人為帶刀侍衛，用以守護皇宮大殿，時刻不離皇帝左右，享有無上的權利。錦衣衛同內務府的太監有著本質的區別。以上各衛所的隸屬關系和統轄規模在朱元璋駕崩后的歷代繼承者中，根據個人的需要都有很大的變動。
上述以守御為目地的軍隊建制如果遇到大規模的戰事時，則由皇帝親自點將稱“大將軍”一名，“副將軍”多名，由兵部酌情征調各衛所由指揮使和正千戶分別帶隊集結從征，戰后官軍各回其衛所。
在衛所中占壓倒性多數的是分散設置在中國全境的外衛。在和平年代外衛的職能是：戍軍（從事戍守城池、巡邏和海防），屯軍（從事軍屯之耕作），運軍（從事運輸通訊），班軍（輪流上京城執行勤務的番上和輪流在邊境執行勤務的番戍）等。當然，根據衛所所在地具體情況的差異，有的以戍軍為主體，有的以軍屯、運輸和執行勤務為主等等多種多樣。
明朝禁衛軍指駐扎京師以衛京城之軍。明太祖定都南京，集全國衛軍精銳于京師。遇兵事以京軍為主力，抽調各地衛軍為輔。洪武中有留守等四十八衛。永樂遷都北京后，以京師置于國防前線，成為全國的軍事中心，增為七十二衛，并定制立京軍三大營，有五軍營、三千營和神機營。永樂八年（1410年），分步騎軍為中軍，左、右掖，左、右哨，稱五軍營。除統領在京衛所外，還統領每年從中都、山東、河南、大寧各都司輪番到京師操練的兵士十六萬人。三千營以邊外降丁組成，分為五司。神機營專用火器。永樂時，征交阯，得火器法，立營肄習。提督內臣、武臣、掌號頭官的設置同三千營。
皇帝親軍共26衛（不隸屬五軍都督府）： 錦衣衛、旗手衛、金吾前衛、金吾后衛、羽林左衛、羽林右衛、府軍衛、府軍左衛、府軍右衛、府軍前衛、府軍后衛、虎賁左衛（以上12衛，洪武時設置）。金吾左衛、金吾右衛、羽林前衛、燕山左衛、燕山右衛、燕山前衛、大興左衛、濟陽衛、濟州衛、通州衛（以上10衛，永樂時設置）。騰驤左衛、騰驤右衛、武驤左衛、武驤右衛（宣德八年設置）. 錦衣衛：掌侍衛、儀仗、緝捕、刑獄. 旗手衛：掌旗鼓、守衛。府軍前衛：統領幼軍（補充兵）。金吾、羽林等十九衛，掌守衛巡警。騰驤等四衛，掌隨駕護衛。
明代的軍制，繼承發展了唐、宋、元三朝的兵制特點，建立了衛所制。明代的軍籍是世襲的，衛所兵有定籍，兵農合一，屯守兼備，不但保證了兵源，也滿足了軍隊的供給。明代的衛所極其龐大復雜，分為直屬皇帝的親軍京衛和五軍都督府下轄的衛所。其中又有屯墾衛，駐守衛、戍軍衛和護衛。全國的衛軍人數多達二百余萬，在明中后期都超過了二百六十萬。
親軍上直二十六衛，分別是：金吾前衛、金吾后衛、羽林左衛、羽林右衛、府軍衛、府軍左衛、府軍右衛、府軍前衛、府軍后衛、虎賁左衛、錦衣衛、旗手衛（以上舊為上十二衛）、金吾右衛、羽林前衛、燕山左衛、 燕山右衛、燕山前衛、騰驤左衛、騰驤右衛、武驤左衛、武驤右衛、武功中衛、武功左衛、武功右衛（此三衛為軍匠，隸屬工部管轄）、永清左衛、永清右衛，以上俱不屬五軍都督府管轄。
五軍都督府所屬衛所既有在京的也有在外各省的，其中左軍都督府在京管轄：留守左衛、鎮南衛、驍騎右衛、龍虎衛、沈陽左衛、沈陽右衛六衛。在外下轄浙江都司十六衛、三十八個千戶所；遼東都司二十五衛、十八個千戶所；山東都司十九衛、十六個千戶所、三個儀衛司、三個群牧所。
右軍都督府在京管轄留守右衛、虎賁右衛、武德衛三衛。在外下轄直隸都司一衛，陜西都司二十八衛、十六個千戶所、三個儀衛司、三個群牧所。陜西十二衛、三個千戶所。四川都司十一衛、十個千戶所，二個儀衛司、一個群牧所。廣西都司十衛、二十三個千戶所、一個儀衛司。云南都司二十衛、二十個千戶所。貴州都司十七衛、十二個千戶所。
中軍都督府在京下轄四衛，在外下轄直隸都司二十六衛、十六個千戶所、中都（鳳陽）七衛、一個千戶所。河南都司十二衛、六個千戶所、七個儀衛司、四個群牧所。
前軍都督府在京下轄三衛。在外下轄直隸一衛，湖廣都司二十七衛、三十三個千戶所、四個儀衛司、三個群牧所。湖廣七衛、九個千戶所、三個儀衛司。福建都司十六衛、二十個千戶所。江西都司四衛、十一個千戶所、三個儀衛司、二個群牧所。廣東都司十五衛、五十一個千戶所。
后軍都督府在京下轄二十衛。在外知直隸三十四衛、十二個千戶所。河北都司二十三衛、八個千戶所。山西都司九衛、九個千戶所、三個儀衛司、三個群牧所。
另外其他都司下轄三百八十四個衛所，實際皆為少數民族的土官衛，同樣在云南、四川、貴州和甘肅也有為數眾多的土官衛所，但并不屬于明代的正規衛軍。
