targetp

這個工具有個bt的地方在于,每個文件的residue總數(shù)不能超過20w。
所以要是結(jié)果不太正常,那就實(shí)施輸入少數(shù)的數(shù)目會是什么情況,結(jié)果發(fā)現(xiàn),我們的residue數(shù)目是有限制的。。
targetp的README居然也沒有提到這一點(diǎn)。 。。。太坑樂
Input exceeded maximal total residues : 200000

因此我的處理辦法便是,讓50個文件都

安裝targetp之后,有以下說明都要按照上面一一寫上:
uname (usually /bin/uname)
paste ( /bin/paste)
perl ( /usr/bin/perl)
nawk (or equivalent, e.g. gawk)
sh (usually /bin/sh)
echo ( /bin/echo)

  1. Decide where you wish to keep the software. Uncompress and untar the
    package in that location:

    cat TargetP-1.1.tar.Z | uncompress | tar xvf -

    This will produce a directory 'TargetP-1.1'. The size of the installed
    package is at most 7 Mb, depending on which binaries are included.
    這里尤其要注意awk executable,ubuntu 15.0不要用awk文件,要
    sudo apt-get install gawk
    來下載gawk,并賦予gawk的路徑!

  2. Edit the paragraph labelled "GENERAL SETTINGS, CUSTOMIZE" at the top of
    the file "targetp". Configure the following variables:

          Variable        Set to the full path to:
          -------------------------------------------
          TARGETP         'targetp-1.1' directory
          TMP             location for temporary data
          PASTE           'paste' executable
          PERL            'perl' executable
          AWK             'awk' executable
          SH              POSIX-compliant shell
          ECHO            'echo' executable
          -------------------------------------------
    

    Make sure that the settings you enter point at existing and operational
    utilities. You might need to modify them after the testing (see below).

  3. Edit the paragraph labelled "HELPER APPLICATIONS, CUSTOMIZE" further
    down in the same file. Configure the following variables:

          Variable        Set to the full path to:
          ----------------------------------------
          CHLOROP         'chlorop' executable
          SIGNALP         'signalp' executable
    

    TargetP will need those softwares to produce the output as described in
    the reference quoted above. They will be employed if the '-c' option is
    used but not otherwise. The decision whether to install them should be
    with the future users of TargetP:

./targetp -P test/twelve.fsa # many sequences

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