一、思路分析：

百度一下，看看有沒有沒有現成的批量下載方法

二、查到的一種比較簡介的可以直接下載fastq文件的方法

• 從ncbi下載sra數據的幾種種方式用的是prefetch方法，但是好像用不了。
• 然后下面還有幾種方法

echo SRR1553608 > sra.ids
echo SRR1553605 >> sra.ids
# 利用sed和bash
cat sra.ids|sed 's/SRR/fastq-dump --split-files SRR/'|bash

三、根據項目編號下載整個項目的fastq文件

• 到NCBI下載runinfo信息（更簡單的方法是使用通過EDirect獲取runinfo,但是發現這個安裝總是不成功，所以用笨方法)
• 導出后的runinfo信息，放到服務器中, 獲取所有樣本的SRR號

運行：

nohup cat sra.ids|sed 's/SRR/fastq-dump --split-files SRR/'|bash 2>&1 >log &

其實還能用多線程

運行：

time for i in SRR*; do pfastq-dump --split-3 --threads 12 -O pfastq_dump_result -s $i ; done

參考文章

• 從ncbi下載sra數據的幾種種方式