以下內容來之知乎 ：https://zhuanlan.zhihu.com/p/62914954，感謝作者分享，我只是Mark下來給自己看，再次申明，不是原創(chuàng)：
自己補充概括三點：1. 下載Accession List? ?；? 2.下載RunInfo Table，里面記錄了樣品信息、建庫信息、測序信息、數(shù)據(jù)信息?；? ? 3. 將SRA數(shù)據(jù)變成 fastq數(shù)據(jù)，fastq-dump 命令，注意是單端還是雙端測序。
fastq-dump -I --split-files SRR390728? ????????????Produces two fastq files (--split-files) containing ".1" and ".2" read suffices (-I) for paired-end data.
--split-spot????????????????????????????????????????????????????????Split spots into individual reads.
一.SRA數(shù)據(jù)庫：
NCBI網(wǎng)站儲存二代測序原始數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫.
（一）SRA數(shù)據(jù)類型：
1.Studies：研究課題
2.Experiments：實驗設計
3.Samples：樣品信息
4.Runs：測序結果
（二）對應序列前綴：
1.SRP/ERP：對應studies
2.SRX：對應Experiments
3.SRS：對應Samples
4.SRR：對應Runs
二.Protocol for analysis：
1.登入NCBI-SRA數(shù)據(jù)庫并下載SRAToolkit使用：
下載地址：
Main : Sequence Read Archive : NCBI/NLM/NIH?trace.ncbi.nlm.nih.gov
選擇相應操作系統(tǒng)版本下載，本文以 MS Windows 64 bit architecture為例，解壓至相關目錄（自己指定位置吧(?￣? ?? ￣??)）
2.選擇SRA數(shù)據(jù)庫，輸入關鍵詞或序列號檢索，并點擊進入結果鏈接
3.點擊詳細信息界面中的研究課題編碼SRP
4.點擊右方“Related SRA data”中的測序結果Runs的數(shù)字
5.在下方列表中選擇需要的原始數(shù)據(jù)序列號下載，點擊“Download”欄Accession List
6.下載二代測序數(shù)據(jù)：
（1）使用“運行”輸入CMD打開命令行界面，輸入以下內容并運行：
prefetch.exe的路徑\prefetch.exe?—option-file?下載的序列號文件的路徑\?序列文件
例：D:\WHU_2102\Tools\sartoolkit.2.9.6-win64\bin\prefetch.exe —option-file C:\Users\asus\Desktop\SRA_Acc_List.txt
（2）下載完成，二次測序原始數(shù)據(jù)位于用戶家目錄ncbi文件夾中
例：C:\Users\asus\ncbi\public\sra\SRR4289741.sra
7.sra格式轉化為fastq格式：
（1）使用“運行”輸入CMD打開命令行界面，輸入以下內容并運行：
fastq-dump.exe的路徑\fastq-dump.exe?—split-3?sra文件的路徑\?sra文件
例：D:\WHU_2102\Tools\sartoolkit.2.9.6-win64\bin\fastq-dump.exe?—split-3 C:\Users\asus\ncbi\public\sra\SRR4289741.sra
（2）轉換完成，fastq格式數(shù)據(jù)存在于原數(shù)據(jù)相同目錄下
“—split-3”中“-3”表示雙端測序，輸出轉換結果為兩個fastq文件（如果樣品為單端測序只返回一個fastq文件）
例：C:\Users\asus\ncbi\public\sra\
編者的話：萌新第一次用知乎，不足之處還請海涵，之所以要做這些是因為自己在學生信，發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上很多都零散不全，希望對每一次的小操作都系統(tǒng)涵蓋一下，以后還會不斷更新，大家一起學習進步吧！(?￣? ?? ￣??)
