這套流程主要特點(diǎn)是消耗資源比較少，1G以內(nèi)的基因組，內(nèi)存不要低于128G，最好能搞到256G，但是再多對(duì)這套流程用不上，更大的基因組沒(méi)有測(cè)試過(guò)。
測(cè)序數(shù)據(jù)為100x以上的PacBio+100X左右的illumia+Hi-C。
一、組裝程contig：wtdbg2 三代基因組組裝
PacBio數(shù)據(jù)不需要糾錯(cuò)，直接使用wtdbg2進(jìn)行組裝成contig
1，組裝成contig：wtdbg2；
2，提取一致性序列：wtpoa-cns；
二、對(duì)組裝的contig進(jìn)行polish：
1，用三代數(shù)據(jù)進(jìn)行polish，軟件為Racon，進(jìn)行2~3輪就好；Racon三代數(shù)據(jù)糾錯(cuò)2021-01-19
2，使用二代測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行polish，軟件為nextpolish，進(jìn)行2輪；使用nextpolish對(duì)三代組裝進(jìn)行polish
注意：必須先三代再二代，缺一不可，順序不可顛倒。
三、利用Hi-C數(shù)據(jù)構(gòu)建將糾錯(cuò)后的contig組裝為scaffold：3D-DNA 掛載染色體
1，利用juicer,獲得非冗余的比對(duì)位點(diǎn)：juicer
2，利用3D-DNA，初步組裝獲得scaffold：run-asm-pipeline.sh
3，利用juicerbox進(jìn)行手工糾錯(cuò)：juicerbox
4，糾錯(cuò)數(shù)據(jù)再次利用3D-DNA進(jìn)行組裝：run-asm-pipeline-post-review.sh
非常費(fèi)時(shí)間。另外組裝效果好不好非?？粗豭uicerbox的結(jié)果，經(jīng)驗(yàn)豐富手氣好，組裝的就好。
四、利用ALLHiC掛載成染色體：
1，創(chuàng)建Allele.ctg.table文件ALLHiC續(xù): 如何構(gòu)建Allele.ctg.table
2， 將scaffold連接成染色體使用ALLHiC基于HiC數(shù)據(jù)輔助基因組組裝 基于3D-DNA，ALLHiC掛載二倍體基因組
? ? 所有給定的例子里面，除了第三步以外，所有的bwa mem都可以用bwa-mem2代替，速度可以加快很多。
