組學工具合集
整理了一些目前知道的與組學相關的工具，可能不全面，歡迎補充
基因組學
一代組裝
- Celera Assembler: 最具代表性的工具
二代組裝
- Minia
- SPAdes: 細菌基因組常用
- ALLPaths-LG
- SOAPdenovo2: 華大出品
- SGA
泛基因組分析
三代contig組裝
- falcon: PacBio專用組裝工具
- Canu: 老牌工具，資源消耗大
- MECAT: 高效的三代組裝工具
- MECAT2: PacBio專用組裝工具
- NECAT: Nanopore專用組裝工具
- NextDenovo: 可用于Nanopore的組裝工具
- FLYE
- SMARTdenovo
- WTDBG2: 不對原始數據糾錯,快速的組裝工具
- Shasta: Nanopore組裝工具
- HASLR: 快速混合組裝長reads（PacBio或Nanopore）和二代數據
GFA相關
GFA是目前組裝比較認可的格式
三代組裝polish
- Pilon: 利用二代進行polish
- Racon: 利用三代進行polish
- NextPolish: 利用二代進行polish
- Medaka: 利用三代對Nanopore進行polish
去除冗余序列
輔助組裝
使用遺傳圖譜，光學圖譜，Hi-C和物種間共線性對contig進行scaffold的工具
HiC
- SALSA: 高效率，能糾錯使用GFA信息
- HiCAssembler: 借鑒了3D-DNA
- 3D-DNA: 搭配JuicerBox效果極佳（但是速度有點慢）
- ALLHiC: 多倍體HiC組裝
- LACHESIS: 古老的工具，已不再維護
- HiC-Pro
- HiCPlotter：HiC數據可視化
- HiPiler: 對HiC數據進行可視化的交互式網頁工具
光學圖譜
- Bionano Solve: BioNano提供的一系列分析腳本工具
- BIONANO ACCESS: BioNano提供的網頁工具
- OMSV: 基于光學圖譜鑒定SV
- OMTools: 光學圖譜數據處理，分析和可視化
遺傳圖譜
整合工具
- ALLMAPS: 可以整合多張圖譜做一套比較好的染色體組裝
組裝質量評估
重復序列注釋
基因注釋
從頭預測
注釋流程
WGD分析
基因組進化
同源分析
- OrthoFinder: 可以推斷直系同源組和直系同源基因
- OrthoMCL
- OrthoCluster
- InParanoid
全基因組比對軟件
共線性分析
共線性可視化
群體結構
結構變異
二代數據
- iSVP
- intansv: 對多個軟件的結構變異鑒定結果進行整合和可視化
- SpeedSeq
- novoBreak
- HugeSeq
- Delly
- freebayes
- Pindel
- LUMPY
- MetaSV
- FusorSV
- Manta：推薦的SV鑒定工具
- GRIDSS: 推薦的SV鑒定工具包，可以鑒定基因組重組
- Parliament2
- BreakDancer
- BreakSeq2
- CNVnator
三代數據
綜合性工具
- multibreak-sv: 支持檢測二代和三代數據中的結構變異
基因組可視化
系統進化
多序列比對
多序列比對可視化
進化模型選擇
進化樹構建
- MEGA: 功能全面的進化樹構建工具，包括序列編輯、進化樹構建、祖先序列重構、進化模型選擇、選擇壓檢驗等
- Mesquite: 提供ML和MP方法構建進化樹
- PHYLIP：提供NJ，ML和MP方法構建進化樹
- PhyML：提供ML法構建進化樹
- PAUP：提供MP法構建進化樹
- PAML：提供ML法構建進化樹
- MrBayes：提供貝葉斯法構建進化樹
- IQ-TREE: 使用ML法快速構建進化樹
- BEAST: 提供貝葉斯法構建進化樹
進化樹可視化
表觀組學
可視化
轉錄組學
標準分析流程
可視化
- SparK: 新型能達到發表水平的NGS可視化工具
