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概念
廣義：轉錄組（transcriptome）是特定細胞在某一功能狀態下轉錄本的總和。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的，具有特定的空間性和時間性。
狹義：轉錄組是指直接參與蛋白質的mRNA的總和
各種RNA的功能
mRNA：編碼基因
tRNA:攜帶氨基酸到核糖體上進行蛋白質的合成
rRNA:與多種蛋白質結合成核糖體，作為蛋白質生物“合成”的裝配機
micro RNA/mi RNA :調控基因表達
snoRNA(核仁小RNA)：參與rRNA成熟加工
snRNA(核內小分子RNA)：參與mRNA的剪接
gRNA(引導RNA)：參與RNA編輯
SRP-RNA（信號識別顆粒）參與蛋白質分泌
dsRNA(雙鏈RNA)：基因沉默
IncRNA長鏈非編碼RNA：表達調控
······
RNA-seq分類
1.測序物種：原核轉錄組和真核轉錄組 還有宏轉錄組
2.建庫測序類型：常規轉錄組和 鏈特異性轉錄組（可以識別來自那一條鏈）
3.有無參考序列： 有參考序列的RNAseq和無參考序列的denovo RNA-seq
4測序目標：IncRNA、sRNA等
RNA與DNA測序之間的差異
轉錄組測序技術的發展
分子雜交：RT-PCR（Real Timeq PCR）通過對經典PCR擴增反應中的每個循環產物熒光信號的實時檢測，我們可以實現對模板的定量分析，通過正確設定引物（primer）和探針（probe）,qRT-PCR技術可以很大范圍內定量檢測目標轉錄本的拷貝數，即表達水平。
EST（Expressed sequence tags）：表達序列標簽。是指從不同組織來源的cDNA序列，通過對一個隨機選擇的cDNA克隆進行單次測序來獲得cDNA的部分序列，只要測序到一個基因的EST片段，就能證明這個基因是有表達的。EST是基于測序的，并不需要事先知道待檢測轉錄本的序列。
基因表達的連續分析技術（Serial Analysis of Gene Expression,SAGE）能同時對上千個轉錄本進行研究。
SAGE技術的主要依據有兩個：
（1）一個9~10堿基的短核苷酸序列標簽包含足夠的信息，足以特異性的確定某一種轉錄本。
（2）如果將短片段標簽相互連接，集中形成長的DNA分子，則對該克隆進行測序將得到大量連續的單個標簽，并能以連續的數據形式輸入計算機中進行處理，這樣就可以對數以千計的mRNA轉錄本進行分析，這個和DGE技術有些類似。
基因芯片（genechip）也叫微陣列（ microarray）通過將幾十萬個不等的探針（probe）分子固定在約1厘米見方的固體片基上制成。利用核苷酸分子在形成雙鏈時堿基互補配對的原理，微陣列可以一次性檢測出樣本中所有與探針互補的核苷酸片段，從而快速得到樣本中基因的表達譜（expression profile）
缺陷：只能檢測已知物種的轉錄表達情況，無法檢測芯片中不包含的序列，并且不容易定量。
數字基因表達譜DGE（Digital Gene Expression Profiling）DGE利用新一代高通量測序技術和高性能計算分析技術，能夠全面、經濟、快速的檢測到某一物種特定組織在特定狀態下的基因表達情況。
缺陷： 基于序列標簽進行測序，只能適用于真核生物，不適合原核生物。
以上技術缺陷：
第一： 需要依賴已知參考序列，如果沒有一直序列，就無法捕獲。
第二：通量低，一次不能捕獲全部的轉錄情況
第三：只能定性，不能定量，只能確定有無，不能確定多少。只能確定一個基因是否表達，不能確定表達量的多少。
第四： 不適合所有物種
RNA-seq與基因芯片的比較
RNA-seq技術優勢
1RNAseq直接得到核酸序列信息，除了可以得到基因表達量的差異，更可以檢測RNA結構和結構變異。
2 開放性的轉錄組分析：無需參考基因組信息，無需設計探針，不但能檢測已知基因還能發現新的轉錄本。
3 在測序覆蓋度足夠大時能夠檢測細胞中的低豐度轉錄本。
4 隨著測序深度的增加，可以獲得更廣的動態檢測范圍，能夠同時鑒定和定量高豐度和低豐度轉錄本，定性和定量都更加準確。
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