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安裝bioconda:
去官網下載和自己電腦系統一樣的版本
https://conda.io/miniconda.html
image.png
下載完后，雙擊解壓，然后cd 到文件目錄，開始安裝。
# 安裝bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh
之后會要求看一個license，和安裝環境路徑，輸入yes 就好。
激活
source.bash_profile# 查看是否安裝成功conda
image.png
出現上圖代表安裝成功
bioconda 是conda 上一個分發生物信息的頻道，所以需要創建一些channels.
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
安裝完channels后 需要更新miniconda
conda update conda
安裝配置軟件：
-sratoolkit
教程上用的Linux方法，mac會報錯，建議使用以下方法。
方法一（別人可以，我的不行）：
conda install -c bioconda sra-tools=2.8.1
方法二（親測可行）：（務必先安裝homebrew，這個可是神器啊，一般安裝不了是因為缺少Xcode，先把這個裝了，用下面的鏈接就好）
ruby -e “$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)”brew install wgetbrew tap homebrew/sciencebrew install sratoolkit
余下的安裝很簡單沒報錯
conda install fastqc
conda install hisat2
conda install samtools
conda install -c bioconda htseq
conda install r
conda install rstudio
參考文獻
http://www.biotrainee.com/thread-1796-1-1.html
http://www.biotrainee.com/thread-1800-1-1.html
整個分析流程：
