Conda工具使用

1. 介紹

任何語言的包,依賴和環境管理:Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,Javascript,C / C ++,FORTRAN

Conda是一個開源包管理系統和環境管理系統,用于安裝多個版本的軟件包及其依賴關系,并在它們之間輕松切換。 它適用于Linux,OS X和Windows,是為Python程序創建的,但可以打包和分發任何軟件。

Conda包括在Anaconda和Miniconda。 Conda也包括在Anaconda的Continuum訂閱中,它為Python,R,Node.js,Java和其他應用程序堆棧提供現場企業包和環境管理。 Conda在pypi中也是可用的,雖然這種方法可能不是最新的。

Miniconda是一個小的“引導”版本,只包括conda,Python和它們依賴的包。 超過720個科學軟件包及其依賴項可以使用“conda install”命令從Continuum存儲庫單獨安裝。

Anaconda包括conda,conda-build,Python和超過150個自動安裝的科學包及其依賴項。 與Miniconda一樣,可以使用“conda install”命令單獨安裝超過250個額外的科學軟件包。

pip install conda使用pypi上發布的版本。 此版本允許您使用任何python安裝創建新的conda環境,然后將新版本的Python安裝到這些環境中。 這些環境仍被認為是“Anaconda安裝”。

conda 命令是管理Anaconda安裝的主要接口。 它可以查詢和搜索Anaconda軟件包索引和當前的Anaconda安裝,創建新的conda環境,以及在現有的conda環境中安裝和更新軟件包。

2. 下載

2.1 用 Anaconda 還是 Miniconda?

選擇Anaconda:

  • 是新到conda或Python
  • 想方便自動安裝Python和超過150個科學包
  • 有時間和磁盤空間(幾分鐘和3 GB)
  • 不想安裝要單獨使用的每個軟件包
    Anaconda下載地址:http://continuum.io/downloads

選擇Miniconda:

  • 不介意安裝要單獨使用的每個軟件包
  • 沒有時間或磁盤空間一次安裝超過150個軟件包
  • 只是想快速訪問Python和conda命令,并希望稍后整理其他程序
    Miniconda下載地址:https://conda.io/miniconda.html

2.2 選擇哪個版本的Anaconda或Miniconda?

  • 無論您使用Anaconda還是Miniconda,請選擇最新版本
  • 只有當您為特定目的測試或需要舊版本時,才應從歸檔中選擇舊版本

2.3 選擇GUI安裝程序還是命令行安裝程序?

無論您是在Linux,OS X還是Windows,都有一個安裝程序,使您更容易。

  • 如果不希望在終端窗口中輸入命令,請選擇GUI安裝程序
  • 如果GUI使您變慢,請選擇命令行版本

2.4 選擇什么版本的Python?

  • 最新版本的Python 2是2.7,包括在Anaconda和Miniconda
  • Python的最新穩定版本是3.5,包含在Anaconda3和Miniconda3中
  • 您可以通過下載任何版本并創建一個新的環境,只需點擊幾下,輕松地設置Python的其他版本,如3.4

3. 安裝

3.1 快速安裝

Conda是一個跨平臺的軟件包和環境管理器,可以運行和更新軟件包及其依賴關系。它允許您輕松在本地計算機上的環境之間設置和切換。 Conda包括在所有版本的AnacondaMiniconda

Miniconda安裝要求

32位或64位計算機,400 MB可用,Linux,OS X或Windows。
注意:如果您選擇安裝完整的Anaconda軟件包,則需要3GB的可用磁盤空間。

安裝說明

Windows Miniconda安裝

在瀏覽器中下載Miniconda Windows安裝程序,然后雙擊.exe文件并按照屏幕上的說明進行操作。如果不確定任何設置,就接受默認值,可以稍??后更改。
注意:完成后,將打開一個新的終端窗口。如果沒有,請單擊開始 - 運行 - 命令提示符。
要測試安裝,請輸入命令conda list。如果已安裝正確地,您將看到已安裝的軟件包列表。
接下來,去30分鐘測試看看吧。

Windows Miniconda更新
使用開始 - 運行 - 命令提示符打開終端窗口,導航到anaconda文件夾,然后鍵入conda update conda

Windows Miniconda卸載
轉到控制面板,單擊“添加或刪除程序”,選擇“Python 2.7(Miniconda)”,然后單擊刪除程序。

OS X Miniconda安裝

在您的瀏覽器中下載Miniconda OS X安裝程序,然后在您的終端窗口鍵入以下內容,并按照安裝程序屏幕上的提示進行操作。如果不確定任何設置,就接受默認值,可以稍??后更改。

bash Miniconda3-latest-MacOSX-x86_64.sh

現在關閉并重新打開終端窗口以使更改生效。要測試安裝,請輸入命令conda list。如果已安裝正確地,您將看到已安裝的軟件包列表。
接下來,去30分鐘測試看看吧。

OS X Miniconda更新
打開終端窗口,導航到anaconda目錄,然后鍵入conda update conda

OS X Miniconda卸載
要卸載Miniconda,打開一個終端窗口并刪除整個miniconda安裝目錄:rm -rf ~/miniconda。你也可以編輯~/.bash_profile并刪除從你的PATH環境變量中刪除miniconda目錄,并刪除隱藏.condarc文件以及可能已創建的.conda和.continuum目錄在主目錄下用rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum

Linux Miniconda安裝

在您的瀏覽器中下載Miniconda安裝程序Linux,然后在您的終端窗口鍵入以下內容,并按照安裝程序屏幕上的提示操作。如果不確定任何設置,就接受默認值,可以稍??后更改。

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

現在關閉并重新打開終端窗口以使更改生效。要測試安裝,請輸入命令conda list。如果已安裝
正確地,您將看到已安裝的軟件包列表。
接下來,去30分鐘測試看看吧。

Linux Miniconda更新
在終端窗口中,鍵入以下命令:conda update conda

Linux Miniconda卸載
要卸載Miniconda打開終端窗口并刪除整個miniconda安裝目錄:rm -rf ~/miniconda。你也可以編輯~/.bash_profile并刪除從你的PATH環境變量中刪除miniconda目錄,并刪除隱藏.condarc文件以及可能已創建的.conda和.continuum目錄在主目錄下用rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum

3.2 完整安裝

如果你匆忙,試試我們的兩分鐘的Miniconda快速安裝
Miniconda只包括conda,conda-build和它們的依賴,所以你可以干凈,快速地安裝。
以下介紹完整安裝Anaconda(其中包括conda,conda-build和150+開源包)。

在Windows,OS X和Linux上,最好為本地用戶安裝Anaconda,它不需要管理員權限,是最強大的
安裝類型。Anaconda也可以安裝在系統范圍內,這需要管理員權限。
提示:有關使用OS X或Windows的圖形安裝程序的安裝說明,請參閱The Anaconda Install頁面。

Miniconda安裝要求

32或64位計算機,32MB可用,Linux,OS X或Windows。
300 MB下載Anaconda plus另外300安裝它。
注意:如果選擇用戶可寫安裝位置,則不需要管理或root權限來安裝Anaconda。

安裝說明

Windows Anaconda安裝

在您的瀏覽器中下載Windows的Anaconda安裝程序,然后雙擊.exe文件,并按照屏幕上的說明進行操作。如果不確定任何設置,只需接受默認值,因為它們都可以稍??后更改。
注意:完成后,將打開一個新的終端窗口。如果沒有,請單擊開始 - 運行 - 命令提示符。

Windows Anaconda更新
使用開始 - 運行 - 命令提示符打開終端窗口,導航到anaconda文件夾,然后鍵入conda update conda

Windows Anaconda卸載
轉到控制面板,單擊“添加或刪除程序”,選擇“Python 2.7(Miniconda)”,然后單擊刪除程序。

OS X Anaconda安裝

在您的瀏覽器中下載OS X的Anaconda安裝程序,然后雙擊.pkg文件,并按照屏幕上的說明進行操作。如果不確定任何設置,只需接受默認值,因為它們都可以稍??后更改。
注意:安裝將在您關閉并重新打開終端窗口后才生效。

OS X Anaconda更新
打開終端窗口,導航到anaconda目錄,然后鍵入conda update conda

OS X Anaconda卸載
要卸載Anaconda打開終端窗口并刪除整個anaconda安裝目錄:rm -rf ~/anaconda。你也可以編輯~/.bash_profile并刪除從你的PATH環境變量中刪除anaconda目錄,并刪除隱藏.condarc文件以及可能已創建的.conda和.continuum目錄在主目錄下用rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum

Linux Anaconda安裝

在您的瀏覽器中下載Linux的Anaconda安裝程序,然后在您的終端窗口中鍵入以下內容并按照提示進行操作安裝程序屏幕。如果不確定任何設置,只需接受默認值為他們都可以改變以后:

bash Anaconda-latest-Linux-x86_64.sh

注意:在您關閉并重新打開終端窗口后,安裝才會生效。

Linux Anaconda更新
在終端窗口中,鍵入以下命令:conda update conda

Linux Anaconda卸載
要卸載Anaconda打開終端窗口并刪除整個anaconda安裝目錄:rm -rf ~/anaconda。你也可以編輯~/.bash_profile并刪除從你的PATH環境變量中刪除anaconda目錄,并刪除隱藏.condarc文件以及可能已創建的.conda和.continuum目錄在主目錄下用rm -rf ~/.condarc ~/.conda ~/.continuum

4. 測試(試駕)

要開始conda30分鐘的測試,你應該已經按照我們的2分鐘快速安裝指南去下載,安裝和更新Miniconda,或者已經下載,安裝和更新Anaconda或Miniconda 。
注意:安裝后,請確保已經關閉,然后重新打開終端窗口,以使更改生效。

Conda試駕里程碑

  • USING CONDA。首先,我們將驗證您已安裝Anaconda或Miniconda,并檢查它是否已更新到當前版本。 3分鐘。
  • MANAGING ENVIRONMENTS。接下來,我們將通過創建幾個環境來玩,您可以學習在環境之間輕松切換。我們還將驗證您所處的環境,并準確地復制環境作為備份。 10分鐘。
  • MANAGING PYTHON。然后我們將檢查哪些版本的Python可用于安裝,安裝另一個版本的Python,并在版本之間切換。 4分鐘。
  • MANAGING PACKAGES。我們來玩包。我們將a)列出您的計算機上安裝的軟件包,b)查看可用軟件包列表,以及c)使用conda install安裝和刪除一些軟件包。對于使用conda安裝不可用的軟件包,我們將d)搜索Anaconda.org。對于不在這兩個位置的包,我們將e)與pip包管理器安裝一個包。我們還將安裝一個30天免費試用Continuum的商業包IOPro。 10分鐘。
  • REMOVING PACKAGES,ENVIRONMENTS,或CONDA。如果你愿意,我們將通過刪除一個或多個測試包,環境或conda結束測試。 3分鐘。

TOTAL 30分鐘

提示:只要您想查看任何命令的完整文檔,請鍵入命令后跟--help
例如,要了解conda update命令:

conda update --help

4.1 管理conda

Conda既是包管理器,也是環境管理器。一個包管理器可以幫助你找到和安裝軟件包。使用幾個命令,您可以設置一個完全獨立的環境來運行不同版本的Python,然后繼續在您的正常環境中運行您常用的Python版本。這就是像conda這樣的環境管理工具的力量。

提示:無論您是使用Linux,OS X還是Windows命令提示符,在終端窗口中輸入的conda命令,除非另有說明,否則都是相同的。

驗證conda已安裝

為了確保您在正確的地方開始,讓我們驗證您是否已成功安裝Anaconda。在終端窗口中,輸入以下內容:

conda --version

Conda將回復您已安裝的版本號,如:conda 3.11.0

注意:如果您看到錯誤消息,請檢查您是否登錄到安裝Anaconda或Miniconda的帳戶,并確保安裝后已關閉并重新打開終端窗口。

更新conda到當前版本

接下來,讓我們使用conda update命令更新conda:

conda update conda

Conda將比較版本,并讓您知道可以安裝的內容。它也會告訴你其他將隨著更新自動更新或更改的軟件包。

如果有較新版本的conda,鍵入Y進行更新:

Proceed ([y]/n)? y

conda更新完成后,來看下一個主題。

4.2 管理環境

現在讓我們通過創建幾個環境,然后在它們之間移動來認識環境。

創建并激活環境

使用conda create命令,后跟任何你想調用它的名稱:

conda create --name snowflakes biopython

這將創建一個名為/envs/snowflakes的環境,該環境包括程序Biopython。

提示:兩個破折號(--)后面的許多常用選項可以縮寫為短劃線和第一個字母。所以--name-n選項是一樣的,--envs-e是一樣的。見conda --helpconda -h查看縮寫列表。

激活新環境:

  • Linux,OS X:source activate snowflakes
  • Windows:activate snowflakes

提示:默認情況下,環境安裝在conda目錄下的envs目錄中。您可以指定不同的路徑。有關詳細信息,請參見conda create --help

提示:由于我們沒有指定Python版本,conda安裝的版本與安裝conda時使用的Python版本一致。

創建第二個環境

這次讓我們創建和命名一個新的環境,并安裝不同版本的Python和兩個包命名為Astroid和Babel:

conda create --name bunnies python=3 astroid babel

這將創建第二個新的環境,名為 /envs/bunnies,且包含Python3和Astroid、Babel。

提示:在此環境中應該同時安裝所需的所有程序。一次只安裝一個可能導致依賴沖突。

提示:您可以在conda創建命令中添加更多信息,輸入conda create --help查看詳細信息。

列出所有環境

現在讓我們檢查到目前為止已經安裝了哪些環境。使用conda environment info命令找出:

conda info --envs

您將看到如下所示的環境列表:

conda environments:
    snowflakes      */home/username/miniconda/envs/snowflakes
    bunnies          /home/username/miniconda/envs/bunnies
    root             /home/username/miniconda

驗證當前環境

你現在使用哪個環境呢 —— snowflakes 還是 bunnies?可以輸入同樣的命令來查看:

conda info --envs

Conda顯示所有環境的列表,當前環境顯示在前面的提示(括號)或[括號]中:

(snowflakes)

注意:conda還在您的環境列表中的活動環境前放置星號(*);請參閱上面的“列出所有環境”。

切換到其他環境(激活/停用)

更改為其他環境,輸入以下命令:

  • Linux,OS X:source activate bunnies
  • Windows:activate bunnies

將當前環境的路徑更改回root:

  • Linux,OS X:source deactivate
  • Windows:deactivate

提示:當環境取消激活時,(bunnies)將不再顯示在提示中。

制作環境的完整副本

通過創建環境的克隆來創建環境的精確副本。這里我們將克隆snowflakes創建一個名為flowers的精確副本:

conda create --name flowers --clone snowflakes

檢查生成的副本:

conda info --envs

您現在應該看到列出的三個環境:flowers,bunnies和snowflakes。

刪除環境

如果你真的不想要一個名為flowers的環境,只需刪除它如下:

conda remove --name flowers --all

要驗證flowers環境現在已刪除,請鍵入命令:

conda info --envs

flowers不再在你的環境列表中,所以我們知道它被刪除。

了解有關環境的詳情

要了解有關任何conda命令的更多信息,只需在鍵入命令后跟--help

conda remove --help

.. _managing-python:

4.3 管理Python

Conda處理Python與任何其他包相同,所以它很容易管理和更新多個安裝。

檢查Python版本

首先讓我們檢查一下可以安裝哪些版本的Python:

conda search --full-name python

你可以使用conda search python來顯示名字中包含的所有包
文本python或添加--full-name選項來指定。

安裝不同版本的Python

假如你需要Python3來學習編程,但你不想通過更新來覆蓋你的Python2.7環境。你可以創建并激活名為snakes的新環境,然后安裝最新版本的Python3,命令如下:

conda create --name snakes python=3
  • Linux,OS X:source activate snakes
  • Windows:activate snakes

提示:明智的做法是將這個環境命名為python這樣的描述性名稱。

驗證添加的環境

要驗證是否已添加了snakes環境,請鍵入以下命令:

conda info --envs

Conda顯示所有環境的列表,當前環境顯示在前面的提示中的(括號)或[括號]里:

(snakes)

在新環境中驗證Python版本

驗證snakes環境使用Python3版本:

python --version

使用不同版本的Python

要切換到新環境使用不同版本的Python,只需要激活它。讓我們切換回默認值,2.7:

  • Linux,OS X:source activate snowflakes
  • Windows:activate snowflakes

在環境中驗證Python版本

驗證snowflakes環境是否使用安裝conda時使用的相同Python版本:

python --version

停用此環境

在雪花環境中完成工作后,停用此環境
將您的PATH恢復到之前的狀態:

  • Linux,OS X:source deactivate
  • Windows:deactivate

4.4 管理包

我們來認識包。當我們創建一個新的環境時(Astroid,Babel和一個具體的版本的Python),我們已經安裝了幾個包。我們將檢查我們有什么包,檢查什么是可用的,查找特定的包并安裝它。然后我們會查找并安裝存在于Anaconda.org存儲庫中的包,安裝更使用pip install的包,以及安裝一個商業包。

查看在環境中安裝的軟件包和版本的列表

使用此選項可查看環境中安裝的是哪個版本的Python或其他程序,或者確認已添加或刪除了包。在您的終端窗口中,只需鍵入:

conda list

用conda install命令查看使可用的軟件包列表

可用于conda安裝的軟件包列表(按Python版本排序)可從http://docs.continuum.io/anaconda/pkg-docs.html得到。

搜索包

首先讓我們檢查一下我們想要的軟件包是否可供conda安裝:

conda search beautifulsoup4

這將顯示包,因此我們知道它是可用的。

安裝新軟件包

我們將在當前環境中安裝Beautiful Soup,使用conda安裝如下:

conda install --name bunnies beautifulsoup4

注意:你必須告訴conda環境的名稱(--name bunnies),否則它將安裝在當前環境。

現在激活bunnies環境,并做一個conda列表看到安裝的新程序:

  • Linux,OS X:source activate bunnies
  • Windows:activate bunnies

所有平臺:

conda list

從Anaconda.org安裝軟件包

對于使用conda install不可用的軟件包,我們接下來看看Anaconda.org。Anaconda.org是一個用于公共和私人包存儲庫的包管理服務。Anaconda.org是Continuum Analytics產品,就像Anaconda和Miniconda。

提示:您不需要注冊到Anaconda.org下載文件。

要從Anaconda.org下載到當前環境,我們將通過鍵入我們想要的包的完整的URL來指定Anaconda.org作為“通道”。

在瀏覽器中,轉到http://anaconda.org。我們正在尋找一個名為“bottleneck”的包,在左上角名為“Search Anaconda Cloud”的框中,輸入“bottleneck”,然后單擊“Search”按鈕。

在Anaconda.org上有十多個bottleneck可用,但我們想要的最多下載量的副本。因此,你可以通過點擊“下載”標題按下載數量進行排序。

通過單擊軟件包名稱選擇下載量最多的版本。這將帶您到Anaconda.org詳細信息頁面,其中顯示用于下載的確切命令:

conda install --channel https://conda.anaconda.org/pandas bottleneck

檢查包下載是否正確

conda list

使用pip安裝軟件包

對于conda或Anaconda.org不提供的軟件包,我們經常可以使用pip(“pip installs packages”的縮寫)來安裝軟件包。

提示:Pip只是一個包管理器,所以它不能為您管理環境。 Pip甚至不能更新Python,因為不像conda,它不把Python當做一個包。但它確實安裝了一些conda沒有的東西。 pip和conda都包括在Anaconda和Miniconda。

我們激活想放置程序的環境,然后用pip安裝一個名為“See”的程序:

  • Linux,OS X:source activate bunnies
  • Windows:activate bunnies

所有平臺:

pip install see

驗證pip安裝

檢查看是否已安裝:

conda list

安裝商業包

安裝商業包與用conda安裝任何其他包相同。因此,作為示例,讓我們安裝,然后刪除Continuum的商業包IOPro的試用版,這可以加速你的Python處理:

conda install iopro

提示:除了學術用途,此免費試用期在30天后過期。

現在,您可以使用conda命令,從Anaconda.org下載或使用pip install安裝和驗證任何您想使用conda的軟件包,無論是開源還是商業。

4.5 刪除軟件包,環境或conda

讓我們結束這個測試,通過刪除一個或多個測試包,環境或conda。

刪除包

如果你決定不繼續使用商業包IOPro,您可以從bunnies環境中刪除它:

conda remove --name bunnies iopro

確認程序已刪除

使用conda列表確認IOPro已被刪除:

conda list

刪除環境

我們不再需要snakes環境,因此輸入命令:

conda remove --name snakes --all

驗證環境已刪除

要驗證蛇的環境現在已被刪除,請鍵入命令:

conda info --envs

Snakes不再顯示在環境列表中,因此我們知道它已被刪除。

刪除conda

  • Linux,OS X:

刪除Anaconda或Miniconda安裝目錄:

rm -rf ~/miniconda OR  rm -rf ~/anaconda
  • Windows:轉到控制面板,單擊“添加或刪除程序”,選擇“Python 2.7(Anaconda)”或“Python 2.7 Miniconda”),然后單擊刪除程序。

更多資源

未完待續......

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