慕容超初到南燕之時，鎮南長史悅壽興沖沖地對兗州牧慕容法說：“我前幾天見到了北海王的兒子，他天資高雅，神采不凡，真不愧是皇族中人啊！”
慕容法嗤之以鼻，說：“當年成方遂假稱衛太子，也沒有人能夠分辨真假，誰知道他到底是不是個真皇族！”（成方遂是個占卜之士，曾經冒充漢武帝的衛太子劉據，后被腰斬。）慕容超聽到了后，非常怨恨他，兩人從此結怨。
慕容德死后，慕容超即位登基，慕容法不敢前去奔喪，慕容超派人去譴責他。慕容法害怕災禍的到來，就和慕容鐘、段宏等人謀反，慕容超把他們在京城的同黨抓起來殺了，又在東門外車裂了封嵩，封融遂投奔了北魏。
慕容超隨后派慕容鎮攻打青州，慕容昱攻打徐州，慕容凝及韓范攻打兗州。慕容昱攻克了莒城，段宏戰敗投奔北魏；慕容鎮攻克了青州，慕容鐘殺死了自己的妻子兒女，挖地道逃出了青州，投奔姚興；慕容凝計劃刺殺韓范，反攻廣固，被人告密，讓韓范知道了這件事，慕容凝只得只身逃往梁父，韓范攻陷梁父后，慕容凝又投奔了后秦姚興，慕容法則逃往北魏，幾個主謀逃脫后，叛亂很快被平息。
慕容凝到后秦后被姚興冊封為侍中，此時他得知了韓范出使后秦的事情，便對姚興說：“燕王稱臣，本意并不是擁戴高德明君，僅僅是為了母親的緣故屈身而已，古代的君王尚且要發動軍隊去索取人質，怎么能白白地歸還他的母親！而且慕容超一旦得到母親和妻子，便不可能再向您稱臣，所以應該先讓他送歌舞伎人來。”
姚興于是改變了主意，對韓范說：“我把燕王的家屬送回去那是肯定的，但是現在天氣很熱，等到天氣涼快了之后再送。”
慕容超無法，只得派張華、宗正元去長安，送給姚興皇家歌舞伎人一百二十人，姚興很高興，設宴款待燕國使者。
歌舞開始后，姚興的黃門侍郎尹雅對張華說：“想當年殷朝將要滅亡的時候，樂師歸了周朝，現在我大秦國運昌盛，燕樂便來到了宮廷，衰敗興旺的征兆，在這一點上就看出來了！”
張華反駁道：“自古以來的帝王們，為道各有不同，權謀詭詐的方法，都是為了成就功業。所以老子說：‘將欲取之必先予之’，既然現在宮樂從西邊的燕國而來，將來也會從你們這里往東回去，禍福的效應，這就是征兆吧！”
姚興憤怒地說：“當初齊、楚二國互相爭辯，導致了連年征戰，你是個小國的臣子，怎么敢和我國的官員頂撞！”
張華拱手行禮道：“當初我奉命出使的時候，實在是希望和上國結好，上國既然嫌棄小國的臣子，侮辱我們的國君和國家，下臣還能有什么辦法，當然要應酬幾句了！”
姚興很贊賞他的氣節，于是歸還了慕容超的母親和妻子。
慕容超正月初一在東陽殿大宴群臣，聽到歌舞聲響了起來，嘆息樂舞不齊備，悶悶不樂，后悔把伎人送給了姚興，于是召集群臣商議入侵東晉。
大臣勸諫說：“先帝因為舊京淪喪，才隱匿在三齊地區，假如時機不成熟，上智之人不考慮采取行動。現在陛下應該恪守陳規，關起國門休養將士，等待時機成熟，不要和南方鄰國結怨，廣樹仇敵啊！”
慕容超說：“我主意已定，不和你們廢話了。”
二月的時候，慕容超派大將斛谷提、公孫歸等人率領騎兵進犯東晉的宿豫，大肆搶劫一番后便回去了，然后挑選被俘虜的男女青年二千五百人，交給太樂去教習歌舞。
接著又侵犯了濟南，俘虜了一千多名男女回去，因此，從彭城往南，東晉居民全部修筑城堡聚居一起，進行自衛，東晉朝廷下詔，命令劉道憐鎮守淮陰，用來戒備南燕騷擾。
慕容超封賞攻打宿豫的功勞，斛谷提等人全部封郡、縣公，慕容鎮進諫道：“我聽說要獎賞有功勛的人，沒有功績的人得不到封侯。現在公孫歸他們引起災禍，交兵打仗，殘害百姓，陛下封賞他們，這樣不合適吧！忠言逆耳，不是親近的人不會說出來，臣下雖然愚昧衰朽，但是既然身為國戚藩王，就要竭盡我的忠誠，希望陛下能考慮我的話。”
慕容超很生氣，不作回答，從此以后百官都不開口，不敢再說什么話。
同年三月，東晉劉裕為抗擊南燕，外揚聲望，上表請求討伐南燕，至此拉開了劉裕北伐的序幕。
慕容超與眾臣商議，公孫五樓提出三策，上策是拒晉軍于大峴（山東臨朐縣南，即穆陵關）之外，挫其銳氣，斷其糧草，猛攻其腹背；中策是鏟除地里的莊稼，堅壁清野等待時機；下策是放晉軍進入大峴，出城迎戰。
慕容超說：“京都地方富裕，人口眾多，不能馬上進入戰備狀態，地里的青苗也不能全部鏟除，如果用鏟除禾苗的方法來守住都城保全性命，朕做不到。現在我們地盤堅固，兵力強盛，即使讓敵人越過了大峴，也可以用精銳的騎兵打敗他們。”
慕容鎮又勸諫：“如果用陛下的方法，在平原上用戰馬，那應該出大峴迎戰，就算打不贏，還可以退守，不能把敵人放進大峴。當年成安君沒有守住井陘關，結果被韓信打敗，諸葛瞻不占據險隘之地，終于被鄧艾擒獲，天時不如地利，固守大峴，才是上策。”
慕容超死活不聽，聚集守兵，修筑城壕，簡選兵馬，養精蓄銳等待敵人的到來。也許他的方法沒有錯，可他的對手是南北朝時期杰出的政治家、改革家、軍事家劉裕。
到了第二年正月初五時，東晉的劉裕攻克了南燕的都城廣固城，拆毀了廣固城墻，把慕容超押回建康斬首，時年二十六歲，南燕滅亡，慕容超也成為鮮卑慕容部的最后一位帝王。
