常規的質控和過濾數據是fastqc+trimmomatic，據說fastp更快，而且一次完成質控過濾和出圖。
fastp的github
fastp的出版地址

1.Fastp 軟件安裝

wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod a+x ./fastp
./fastp

本地路徑/home/chaim/disk/soft/fastp/fastp
添加環境變量

vim ~/.bash_profile
export PATH=$home/disk/soft/fastp:PATH

之后即可全局調用fastp。

2.使用參數

2.1 快速處理

單端測序single end(SE)

fastp -i in.fq -o out.fq

雙端測序paired end(PE)

fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o our.R1.fq.gz -O  out.R2.fq.gz

參數設定：
-w 8 設置進程數8，默認2,max=16,或者是--thread 8
-z 5 設置gzip壓縮級別，默認4,1~9 1快-9小
--json 設置輸出json文件名
--html 設置輸出html文件名

2.2 使用循環批量處理

注意：一定要修改默認的輸出文件名，不然后面的輸出會覆蓋前面的默認文件名

#!/bin/bash
for i in 71 72 75 76 78 79;do
  {
  fastp -i ~/RNAseq/SRR190242${i}_1.fastq.gz -o SRR190242${i}_1.fastq.gz -I  ~/RNAseq/SRR190242${i}_2.fastq.gz -O SRR190242${i}_2.fastq.gz -w 8 --html ${i}.html --json ${i}.json
  } 
done