發(fā)簡(jiǎn)信
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安裝R包devtools遇到的報(bào)錯(cuò)及解決
記錄一下，也許能幫到一些人 今天安裝devtools包時(shí)總是報(bào)錯(cuò)，提示gert包配置錯(cuò)誤ERROR: configuration failed ...
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轉(zhuǎn)錄組全記錄：從rawdata到DEG功能富集
寫在前面：本文是新手學(xué)習(xí)全記錄，僅供參考，歡迎交流！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 數(shù)據(jù)量統(tǒng)計(jì) 調(diào)用工具：iTools使用： 2....
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DESeq2差異分析十全大補(bǔ)使用筆記寫在前面：新手老菜鳥(niǎo)，個(gè)人心得，不足之處歡迎交流指正；寫作不易，轉(zhuǎn)載前請(qǐng)聯(lián)系我征得同意，謝謝。 1.基本原理 1.1 概述 全稱：DESeq2 ...
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ggplot2一頁(yè)多圖Rmisc-multiplot功能新手排雷
哈，三月是適合寫簡(jiǎn)書的月份~這只是一篇短的心得，記錄自己剛剛遇到的問(wèn)題，供大家參考。 背景：在用DESeq2做轉(zhuǎn)錄組差異基因，有幾個(gè)關(guān)注的mar...
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Duplication rate：NGS測(cè)序重復(fù)率計(jì)算
寫在前面：最近很糾結(jié)于測(cè)序數(shù)據(jù)的重復(fù)率，雖然是單細(xì)胞會(huì)難免有bias，但是fastqc和fastp兩款軟件計(jì)算出來(lái)的dup%簡(jiǎn)直差太大了，琢磨了...
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我的RNA-Seq（1）hisat和bowtie比對(duì)結(jié)果解讀
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)比對(duì)，選用了hisat2，比對(duì)之后發(fā)現(xiàn)結(jié)果不太懂，于是整理了這篇筆記與大家分享，歡迎交流。 此處是一個(gè)轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)hisat2比對(duì)結(jié)果，...
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MEGAN6安裝及使用的問(wèn)題
最近接手了一個(gè)宏基因組項(xiàng)目，做了一段時(shí)間，已構(gòu)建群體的基因豐度集，其間遇到的種種問(wèn)題暫且不表。本以為接著就可以進(jìn)行結(jié)構(gòu)和功能注釋，忙活了半個(gè)月終...
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我的ChIP-Seq(5): peaks注釋
注釋一般有以下幾種方法，但是一般經(jīng)驗(yàn)有： 1.比對(duì)時(shí)下載UCSC格式的參考基因組，后續(xù)操作障礙少2.數(shù)據(jù)準(zhǔn)備要嚴(yán)格按照軟件的說(shuō)明，若遇到格式正確...
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我的ChIP-Seq(4):MAnorm差異分析哈哈，搜了一圈沒(méi)發(fā)現(xiàn)網(wǎng)上有關(guān)于MAnorm的中文教程或者是說(shuō)明，本文將是第一篇~撒花??ヽ(°▽°)ノ?那就要用心寫了，感到鴨梨.jpg== 首...