conda是什么
Anaconda 是一個用于科學計算的 Python 發行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了眾多流行的科學計算、數據分析的 Python 包。
而本文要安裝的Miniconda 是一個 Anaconda 的輕量級替代，默認只包含了 python 和 conda，但是可以通過 pip 和 conda 來安裝所需要的包。
說白了conda就是一個軟件包的管理庫，可以方便地安裝各種軟件，當然也包括生信分析中常用的各種軟件。
Miniconda的下載
Miniconda的下載有兩種方式：
- 從官網上（https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html）下載最新的版本
根據自己python的版本以及32/64位下載即可，右鍵“復制鏈接地址”
$ wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下載這個最新版的即可
$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Miniconda的安裝
下載的文件Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 是沒有執行權限的，這里我們修改一下該文件的權限。
$ chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
這里要注意的是不要將conda加入環境變量，避免環境變量被污染
Miniconda啟動
因為我們沒有將conda加入到環境變量中，所以我們需要手動啟動conda
先切換到./miniconda3/bin，找到activate文件
$ cd ~/software/miniconda3/bin/
$ ll miniconda3/bin/ | grep activate
## -rwxrwxr-x 1 ldaforreal ldaforreal 210 Jun 8 11:18 activate*
## -rwxrwxr-x 1 ldaforreal ldaforreal 298 Jun 8 11:18 deactivate*
如果activate文件是有執行權限x的話就無需修改權限，否則就用chmod 777使其可執行
之后，使用以下命令即可啟用conda
$ source ./activate
啟動后會在命令行首出現當前conda環境的標志(base)
添加channels
添加channels后，就可以下載該channel下的軟件了，這邊順便把清華的鏡像channels添加進去（國內用戶使用快點）
$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
$ conda config --set show_channel_urls yes ## 顯示channels的鏈接
查看已添加的channels
$ conda config --get channels
要注意的是最后添加的channels是最高優先級的。
conda 安裝
conda 安裝軟件十分簡單
$ conda install fastqc
以下是一些常用的生信軟件
$ conda install multiqc
$ conda install trimmomatic
$ conda install star
$ conda install samtools
退出conda
$ conda deactivate
在conda環境下安裝的軟件在退出conda后無法使用，可以通過為軟件創建軟連接的方式解決：
“ 賣萌哥” 提供的解決方案：
環境操作
$ conda create --name env python=2.7 ## 創建一個名為‘env’的python版本為2.7的環境
$ conda create --name clone --clone env ## 復制‘env’環境到‘clone’環境
$ conda remove --name env --all ## 移除‘env’環境
快速啟動conda
由于我們沒有把conda加入環境變量$PATH ，所以每次想使用conda時，都需要敲入$ source ./miniconda3/bin/activate 這樣一長串命令。但我們也可以通過alias這個別名命令省點功夫。
我們需要在.bashrc文件中創建一個快速啟動conda 的命令，其實就是相當于將我們啟動conda的那一長串代碼賦予了一個別名conact
注意千萬不要修改
.bashrc文件中的其他內容！！！（在你對linux系統并不十分熟悉的時候，不建議你這樣做）
.bashrc文件相當于一個系統配置文件，我們在這里設置別名命令就不用每次登錄時都設置一遍。
總而言之
conda是一個十分好用的軟件管理工具，最直接的當然是方便我們安裝各種軟件和工具包。但除此之外它提供的更加是一個簡潔的開發環境，我們可以通過創建不同的環境來進行不同的分析操作，例如設置genome環境專門處理基因數據，設置一個proteome環境分析蛋白質組數據等等。不同環境的設置保證了我們分析的簡潔性，避免了其間軟件的相互干擾。
持續更新：Conda常用操作
## 查看已安裝命令
conda list
## 安裝軟件到指定環境
conda install -n <env name> <pkg name>
## 指定環境的路徑安裝包
conda install --prefix=/path/to/install <pkg name>
## 安裝指定channel的指定版本軟件
conda install -c conda-forge R r=4.0
## 卸載包
conda uninstall <pkgs name>
## 更新包
conda update <pkgs name>
## 顯示所有的虛擬環境
conda info --envs
## 搜索包
conda search <pkgs name>
- 參考文章：
完。
