conda是什么
Anaconda 是一個用于科學(xué)計算的 Python 發(fā)行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了眾多流行的科學(xué)計算、數(shù)據(jù)分析的 Python 包。
而本文要安裝的Miniconda 是一個 Anaconda 的輕量級替代，默認(rèn)只包含了 python 和 conda，但是可以通過 pip 和 conda 來安裝所需要的包。
說白了conda就是一個軟件包的管理庫，可以方便地安裝各種軟件，當(dāng)然也包括生信分析中常用的各種軟件。
Miniconda的下載
Miniconda的下載有兩種方式：
- 從官網(wǎng)上（https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html）下載最新的版本
根據(jù)自己python的版本以及32/64位下載即可，右鍵“復(fù)制鏈接地址”
$ wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
下載這個最新版的即可
$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
Miniconda的安裝
下載的文件Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 是沒有執(zhí)行權(quán)限的，這里我們修改一下該文件的權(quán)限。
$ chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
這里要注意的是不要將conda加入環(huán)境變量，避免環(huán)境變量被污染
Miniconda啟動
因為我們沒有將conda加入到環(huán)境變量中，所以我們需要手動啟動conda
先切換到./miniconda3/bin，找到activate文件
$ cd ~/software/miniconda3/bin/
$ ll miniconda3/bin/ | grep activate
## -rwxrwxr-x 1 ldaforreal ldaforreal 210 Jun 8 11:18 activate*
## -rwxrwxr-x 1 ldaforreal ldaforreal 298 Jun 8 11:18 deactivate*
如果activate文件是有執(zhí)行權(quán)限x的話就無需修改權(quán)限，否則就用chmod 777使其可執(zhí)行
之后，使用以下命令即可啟用conda
$ source ./activate
啟動后會在命令行首出現(xiàn)當(dāng)前conda環(huán)境的標(biāo)志(base)
添加channels
添加channels后，就可以下載該channel下的軟件了，這邊順便把清華的鏡像channels添加進(jìn)去（國內(nèi)用戶使用快點）
$ conda config --add channels bioconda
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
$ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
$ conda config --set show_channel_urls yes ## 顯示channels的鏈接
查看已添加的channels
$ conda config --get channels
要注意的是最后添加的channels是最高優(yōu)先級的。
conda 安裝
conda 安裝軟件十分簡單
$ conda install fastqc
以下是一些常用的生信軟件
$ conda install multiqc
$ conda install trimmomatic
$ conda install star
$ conda install samtools
退出conda
$ conda deactivate
在conda環(huán)境下安裝的軟件在退出conda后無法使用，可以通過為軟件創(chuàng)建軟連接的方式解決：
“ 賣萌哥” 提供的解決方案：
環(huán)境操作
$ conda create --name env python=2.7 ## 創(chuàng)建一個名為‘env’的python版本為2.7的環(huán)境
$ conda create --name clone --clone env ## 復(fù)制‘env’環(huán)境到‘clone’環(huán)境
$ conda remove --name env --all ## 移除‘env’環(huán)境
快速啟動conda
由于我們沒有把conda加入環(huán)境變量$PATH ，所以每次想使用conda時，都需要敲入$ source ./miniconda3/bin/activate 這樣一長串命令。但我們也可以通過alias這個別名命令省點功夫。
我們需要在.bashrc文件中創(chuàng)建一個快速啟動conda 的命令，其實就是相當(dāng)于將我們啟動conda的那一長串代碼賦予了一個別名conact
注意千萬不要修改
.bashrc文件中的其他內(nèi)容！！！（在你對linux系統(tǒng)并不十分熟悉的時候，不建議你這樣做）
.bashrc文件相當(dāng)于一個系統(tǒng)配置文件，我們在這里設(shè)置別名命令就不用每次登錄時都設(shè)置一遍。
總而言之
conda是一個十分好用的軟件管理工具，最直接的當(dāng)然是方便我們安裝各種軟件和工具包。但除此之外它提供的更加是一個簡潔的開發(fā)環(huán)境，我們可以通過創(chuàng)建不同的環(huán)境來進(jìn)行不同的分析操作，例如設(shè)置genome環(huán)境專門處理基因數(shù)據(jù)，設(shè)置一個proteome環(huán)境分析蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)等等。不同環(huán)境的設(shè)置保證了我們分析的簡潔性，避免了其間軟件的相互干擾。
持續(xù)更新：Conda常用操作
## 查看已安裝命令
conda list
## 安裝軟件到指定環(huán)境
conda install -n <env name> <pkg name>
## 指定環(huán)境的路徑安裝包
conda install --prefix=/path/to/install <pkg name>
## 安裝指定channel的指定版本軟件
conda install -c conda-forge R r=4.0
## 卸載包
conda uninstall <pkgs name>
## 更新包
conda update <pkgs name>
## 顯示所有的虛擬環(huán)境
conda info --envs
## 搜索包
conda search <pkgs name>
- 參考文章：
完。
