一、軟件安裝
A. conda
1.安裝miniconda
miniconda官網:
#下載
wget?https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#安裝
bash?Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
vi .bashrc? 查看PATH
source .bashrc
2.miniconda添加源
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels?defaults
3.conda搜索和安裝
conda search?
conda install
B.?SRA Toolkit
網址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
作用:將下載的SRA格式的測序結果轉換成fastq格式,便于下一步的測序數據質控
安裝 conda install sra-tools
或者
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
# 解壓并將解壓后的文件剪切到biosoft目錄下
tar -zxvf? sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz && mv? sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft
# vim編輯器直接編輯~/.bashrc文件,將該軟件加入環境變量中,可以全局運行
vim ~/.bashrc
# 在文件最后增加如下內容
PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin
# 更新
$ source ~/.bashrc
# 嘗試運行軟件,出現幫助信息,就說明成功安裝
$ fastq-dump -h
C.?Fastqc
作用:可視化測序結果質量的軟件(在安裝之前需要檢測一下Java環境)
1.檢查JAVA環境
# 看是否安裝了Java
java -version
# 若不存在,則進行安裝,但是Java的版本要適合
sudo apt-get install openjdk-8-jdk? 或者conda install jdk
2.安裝fastqc
conda install fastqc
D.?HISAT2
作用:將RNA-Seq的結果比對到基因組
conda install hisat2
E.?HTSeq
作用:用來計數多種mapping軟件輸出文件reads
conda install htseq
F.?SAMtools
作用:生成存放高通量測序比對結果及其他轉換格式,融合文件
conda install samtools
G. R
作用:統計分析
conda install r
H. Rstudio
conda install rstudio