一、軟件安裝

A. conda

1.安裝miniconda

miniconda官網：

#下載

wget?https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#安裝

bash?Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

vi .bashrc? 查看PATH

source .bashrc

2.miniconda添加源

conda config --add channels bioconda

conda config --add channels r

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels?defaults

3.conda搜索和安裝

conda search?

conda install

B.?SRA Toolkit

網址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

作用：將下載的SRA格式的測序結果轉換成fastq格式，便于下一步的測序數據質控

安裝 conda install sra-tools

或者

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz

# 解壓并將解壓后的文件剪切到biosoft目錄下

tar -zxvf? sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz && mv? sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64 ~/biosoft

# vim編輯器直接編輯~/.bashrc文件，將該軟件加入環境變量中，可以全局運行

vim ~/.bashrc

# 在文件最后增加如下內容

PATH=$PATH:~/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin

# 更新

$ source ~/.bashrc

# 嘗試運行軟件，出現幫助信息，就說明成功安裝

$ fastq-dump -h

C.?Fastqc

作用：可視化測序結果質量的軟件（在安裝之前需要檢測一下Java環境）

1.檢查JAVA環境

# 看是否安裝了Java

java -version

# 若不存在，則進行安裝，但是Java的版本要適合

sudo apt-get install openjdk-8-jdk? 或者conda install jdk

2.安裝fastqc

conda install fastqc

D.?HISAT2

作用：將RNA-Seq的結果比對到基因組

conda install hisat2

E.?HTSeq

作用：用來計數多種mapping軟件輸出文件reads

conda install htseq

F.?SAMtools

作用：生成存放高通量測序比對結果及其他轉換格式，融合文件

conda install samtools

G. R

作用：統計分析

conda install r

H. Rstudio

conda install rstudio