作者，追風少年i
周五了，我就不整那些難以理解的了，給大家分享一個簡易的空間轉錄組通訊的分析的方法，其實原理跟下面的一樣，但是具體的細節我們要探討一下。
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首先第一步，識別inferface
這個界面可以是大家空間聚類后的cluster_cluster界面，但最好的人工識別的組織界面，比如腫瘤組織的間質腫瘤的界面，界面兩端臨近的spot納入后續的通訊分析，如下圖：
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第二步，近鄰spot的劃分。The minimum distance of each stroma spot to the tumor and the minimum distance of each tumor spot to the stroma were equal to the minimum distance between the ST spots; that is, 200 μm。以10X為例，spot的直徑為55um，spot中心之間的距離是100um，那也就是界面的3層spot納入后續的分析。
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空間區域注釋
當然了，我們最好劃分的再精細一點，對腫瘤和間質的異質性做一個深入的分析
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推斷臨近通訊
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方法算法
為了鑒定配體在基質上和受體在腫瘤上的配體-受體對，鑒定了在超過 10% 的基質spot中出現的差異表達配體（p < 0.05，平均 loge 倍數變化 > 0.25）通過將界面附近的基質spot的配體基因表達與所有其他基質spot（包括其他區域中的spot）進行比較，并確定發生在更多區域的差異表達受體（p < 0.05，平均logechange > 0）。通過將交界處附近的腫瘤點的受體基因表達與所有其他腫瘤spot（包括其他區域中的點）進行比較，可以發現交界處附近的腫瘤spot超過 10%。使用類似的方法來識別配體-受體對，其中配體位于腫瘤上，受體位于基質上。分別在 STS 和 LTS 樣品的基質-腫瘤界面上鑒定出 84 和 50 個不同的配體_受體對。
結果展示
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生活很好，有你更好，百度文庫出現了大量抄襲我的文章，對此我深表無奈，我寫的文章，別人掛上去賺錢，抄襲可恥，掛到百度文庫的人更可恥
