MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一個非常強大的分子進化遺傳分析軟件，可用于序列比對、進化樹推斷、估計分子進化速度、驗證進化假說等。
MEGA7下載地址：http://www.megasoftware.net/download_form
選擇適合自己電腦系統的版本進行下載安裝。
我的電腦是win10，所以選擇如下：
安裝好軟件，我們正式開始介紹MEGA7的入門使用：
1、準備需要建樹的序列，并將序列保存為fasta格式。
取一條目標氨基酸序列，在NCBI的blast板塊進行下比對：
將比對結果下載下來保存為fasta格式，如下：
2、打開MEGA7，點擊Align--Edit/built Alignment，選擇Create a new alignment，點擊ok。
3、打開剛剛保存下來的fasta序列，如下：
4、點擊Alignment –Align by ClustalW ，選擇所有序列，出現下圖，參數根據需求修改，在這我們就直接選擇默認，點擊ok。
5、比對完成后，點擊Data –Phylogenetic Analysis，出現下圖坐標箭頭指向的兩個按鈕。
6、點擊Phylogeny，有5個構建進化樹的方法，一般選擇MaximumLikehood（最大似然法）、Neighbor-Joining（鄰接法）和Minimum-Evolution（最小進化法）方法，在此選擇選擇Neighbor-Joining（鄰接法）建樹，出現下圖。
7、在Test of Phylogeny 選擇Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 輸入2000; Mode/Method 核酸選擇Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列選擇Poisson model; Rates among sites 選擇Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 選擇Compeledeletion, 點擊Compute得到下面結果，根據自己的需求對樹進行修飾.
在這我們就演示完一個非常簡單的進化樹構建過程，MEGA是一個非常強大的軟件，我們演示的也只是構建進化樹的小小的一部分，而且MEGA的功能也不局限于構建進化樹，更多的功能還需要我們慢慢地去學習去實踐！
希望這篇文章能幫助到入門的小白，也希望大神們可以多多賜教?。?！
