安裝時間：2021.2.10
1. conda簡介
????conda是一個開源的軟件包管理系統和環境管理系統，主要解決了軟件在安裝過程中需要的依賴包和環境的問題。conda分為anaconda和miniconda。前者安裝包較大，包含了較多默認安裝包，而miniconda屬于精簡版本，可根據自己需要安裝軟件，推薦安裝miniconda。
什么是bioconda?
????在安裝好miniconda之后，添加相應的生物信息軟件相關的源之后，就是bioconda了。換言之，bioconda就是一種生物定制版本的conda。
2. bioconda的安裝
2.1 下載安裝miniconda
第一步：下載miniconda
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
第二步：運行腳本
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
第三步：一直yes或者回車就可以了
第四步：刷新配置后，就進入conda環境了
source ~/.bashrc
2.2 添加頻道channels
2.2.1 常用的源
????添加頻道就是添加下載的站點，可以根據需要選擇以下的任意一個即可：
- 官方源（網速較慢不推薦）
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
- 清華鏡像源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 北外鏡像源
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
- 中科大鏡像源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --set show_channel_urls yes
2.2.2 關于源的一些操作
- 顯示安裝的頻道
conda config --set show_channel_urls yes
- 查看安裝的頻道
conda config --get channels
- 刪除某個頻道
conda config --remove channels https://www.idiap.ch/software/bob/conda
3. 利用conda安裝軟件
3.1 常規使用（以blast為例）
- 搜索可安裝版的版本
conda search blast
- 直接安裝
conda install -y blast #默認安裝最高版本
加上
-y選項可以直接進行安裝而不用詢問
- 升級軟件
conda updata blast
- 查看當前環境安裝的所有軟件
conda list
- 刪除軟件
conda remove blast
3.2 創建新環境安裝軟件
必要性：不同的軟件對python的版本要求不同，創建新環境之后避免了軟件依賴包間的沖突造成的軟件安裝失敗
- 查看所有的環境
conda env list
- 創建一個python2的環境
conda create -y -n python2 python=2
-n指定新環境名稱，-y跳過詢問安裝過程
- 進入/退出python2環境
conda activate python2
conda deactivate python2
- 刪除環境
conda remove -n python2 --all
4. 提升安裝軟件速度的方法
4.1 添加較快的源，同時提升網速
4.2 在conda環境中下載mamba
conda install mamba -c conda-forge
下載之后，使用時直接用mamba替代conda即可（據說會快一些，但我沒試過。。。）
-c指定下載的源
5. conda問題集錦
問題一：創建新的環境時出現：Segmentation fault (core dumped)
- 原因：之前有安裝過軟件，但是并沒有成功，存在殘余的安裝包
- 解決辦法：打開miniconda中的文件【pkg】，刪除下載的壓縮包即可
