教程 | 做一個自己專屬的本地 BLAST 數據庫

寫在前面

中秋和國慶期間,我總是要往返廣州貴陽。工作在廣州,家人在貴陽,于是多出了不少旅途時光。手機信號自然是沒有,也常常是夜晚的航班。播客聽多了,發現只能等著節目更新。來來去去,最后還是要閉眼思考。

  1. 活著,為了什么?
  2. 這個課題怎么做?那個課題怎么做?
  3. 有沒有什么新課題想法?
  4. 是不是把一些想法給忘掉了

當然,常常有成果的,自然還是“TBtools的優化”。可能,這是比較簡單的事情。
開發至今 6 年有余,最早期的功能包括 Fasta 序列提取 和 Blast 界面化。事實上,這些功能從當初開發到現在,幾乎沒有更新過。或許只能說,我寫得挺好,功能挺穩健。不過,必須承認,有時候用起來還是不太方便,尤其是切換不同數據庫比對,類似的工作不時重復。已有的界面如下:



其他 Blast 界面化功能是類似的。我們完全可以想象得到,不夠方便,尤其是當我們在本地做足夠多的分析時。
于是,我們需要“革自己的命”,實現一些新的功能,從更高維度降低數據分析的繁雜程度。

Blast Zone 簡介

經過簡單的思索,在帶娃的閑暇之余,我寫了一個自認為還不錯的新插件,命名為“Blast Zone”。查看這個功能,首先是更新 TBtools 到版本 v1.09866 或者更高版本(為了匹配這個功能更新,我跳過了 6 個版本號)。隨后可以在熟悉的地方找到這個功能。


點擊即可查看

一般來說,尤其是對于 Windows 用戶(當然 Mac 也相同),建議首先點擊Config摁鈕,調整默認數據庫放置的位置,以方便后續分析。

BLAST 數據庫的添加與刪除

添加數據庫

開始建立一些數據庫



數據庫建立完成可見



類似的可以增加系列數據庫
刪除數據庫

相比于添加數據庫,刪除數據庫更為簡單。只要選擇指定數據庫,點擊 “-” 按鈕即可。



可以看到


進行 BLAST 序列比對

“Blast Zone” 上開展 BLAST 分析,相比于 TBtools 中已有功能會更為方便。



查看結果



當然,也可以直接“Text View”。

切換一個數據庫比對,只需要鼠標點擊選擇另外一個數據庫即可


其他特性

當然,最重要的是,Blast Zone 的數據庫可以隨時“重用”。關閉 TBtools,重新開啟,那么數據庫列表跟前一次關閉時,保持一致。



更有趣的地方,以后再說.....

寫在最后

路漫漫,其修遠兮~
一步一個腳印,做好自己即是一切。

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