加權基因共表達網絡分析 (WGCNA, Weighted correlation network analysis)是用來描述不同樣品之間基因關聯模式的系統生物學方法，可以用來鑒定高度協同變化的基因集, 并根據基因集的內連性和基因集與表型之間的關聯鑒定候補生物標記基因或治療靶點。
本教程詳細內容在：WGCNA分析 | 你的數據結果真的是準確的嗎？？
「WGCNA的教程總匯」
我們目前使用WGNCA分析最多的代碼，應該還是來自生信技能樹曾健明老師分享的教程一文看懂WGCNA 分析(來自生信技能樹)。但是，在網絡上各類的教程非常多，導致你可能使用不同的代碼跑WGCNA流程，獲得結果可能是有差異的，我在WGCNA分析，結果到底有多少迷？也提過。
但是最終有多少人自己認真的分析過自己的數據的呢？這就不知道了，只能自己問自己了。最近，也有一部分的童鞋在咨詢WGCNA的教程，以及提及自己的分析獲得的結果不符合預期值。對于這些問題，可以進行多方面的調整，如基因數量，表達豐度，軟閾值等等一系列的操作。
「今天不同的方法跑了WGCNA數據的，結果如下。」
「method one:」
<<< 左右滑動見更多 >>>
「method two:」
<<< 左右滑動見更多 >>>
「method three:」
[圖片上傳失敗...(image-635859-1676641973547)]
[圖片上傳失敗...(image-1381b7-1676641973547)]
[圖片上傳失敗...(image-b77973-1676641973547)]
[圖片上傳失敗...(image-43d65a-1676641973547)]
[圖片上傳失敗...(image-78a382-1676641973547)]
[圖片上傳失敗...(image-4dccdd-1676641973547)]
[圖片上傳失敗...(image-bb0d0-1676641973547)]
<<< 左右滑動見更多 >>>
<~ WGCNA分析本來就不是一個一次性就可以獲得結果的分析過程，需要不斷參數調整。
那么這么多分析教程，誰的結果才是正確的呢？這也許就是個迷吧！今天的教程到這里就結束了。
「最后，做個統計。有多少同學想要獲得這些代碼的呢？？？」
「對于WGCNA的結果你有什么感想呢？？哈哈哈哈哈.....(這是個有坑的問題！)」
「往期回顧：」
01-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--精美火山圖
[02-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--柱狀圖](http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwODY5NDU0MA==&mid=2455848425&idx=1&sn=25b0645680690991c4c8d2df30246817&chksm=8cff1b8abb88929cc0d59153ab70995b73b3f57bdbbe37a7c609f7332376d51b37156e1edf07&scene=21#wechat_redirect)
[03-R語言可視化-精美圖形繪制系列--功能富集分析
[04-R語言可視化-精美圖形繪制系列—多組GO富集可視化
05-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--堆積圖]
06-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--組間相關性分析]
07-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--Mental分析
08-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--復雜熱圖+兩圖漸變連線]-【轉載】
09-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--桑基圖（Sankey）]
10-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--柱狀圖誤差線標記]11-跟著NC學作圖 | 柱狀圖與相關性圖12-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--GO、KEGG富集通路關聯圖]
13-[跟著“基迪奧生物學”作圖]--截斷圖14-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--顯著性箱線圖
14-2[R語言可視化]--箱線圖不同的畫法及參數設置 | 學習筆記15-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--組內相關性分析
16-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--主成分分析（PCA）
17-[跟著NC學作圖]--箱線圖（一個函數獲得Mean、SD、P值）
18-[跟著NC學作圖]--生存分析（Survival analysis）
19-[跟著NC學作圖]--散點圖20-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--散點圖+箱線圖組合圖
21-[跟著NC學作圖]-柱狀堆積圖22-[跟著NC學作圖]-繪制頻率分布圖（圖中圖）
22-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--FPI箱線圖
23-跟著NC做基因組數據分析24-使用OmicCircos包--繪制基因圈圖25-跟著iMeta學作圖 | 棒棒圖和顯著相關性散點圖26-跟著iMeta學作圖 | 三元相圖27-R語言精美圖形系列 | 愛心表白圖YYDS
小杜的生信筆記 ，主要發表或收錄生物信息學的教程，以及基于R的分析和可視化（包括數據分析，圖形繪制等）；分享感興趣的文獻和學習資料!!
