本期內(nèi)容為[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--顯著性箱線圖
花費一點時間整理出來的，還是比較粗糙，主要的問題還是主題顏色，因此如有你好看的主題顏色，可以留言分享哦！！
是小杜好友的可以直接和小杜索要源代碼和實例數(shù)據(jù)，我希望的是：交流（Communication）！！
歡迎來擾！！不要客氣，要不你的加友費浪費了哦！
代碼部分：
1. 此部分可看我們的個人喜好進行設(shè)置，是可選項。
## 自定義主題
top.mar=0.2
right.mar=0.2
bottom.mar=0.2
left.mar=0.2
## 合并上面的參數(shù)，將其合并成mythemel
mytheme1 <- theme(panel.background = element_blank(),
axis.ticks.length=unit(1.6,"mm"),
plot.margin=unit(x=c(top.mar,right.mar,botton.mar,left.mar),
units="inches"))
#自定義主題2；
#隱藏縱軸，并對字體樣式、坐標軸的粗細、顏色、刻度長度進行限定；
mytheme2<-theme_classic()+
theme(text=element_text(family = "sans",colour ="gray30",size = 12),
axis.line = element_line(size = 0.6,colour = "gray30"),
axis.ticks = element_line(size = 0.6,colour = "gray30"),
axis.ticks.length = unit(1.5,units = "mm"),
plot.margin=unit(x=c(top.mar,right.mar,botton.mar,left.mar),
units="inches"))
2. 導(dǎo)入數(shù)據(jù)
librar(tidyr)
library(ggplot2)
library(ggthemr)
library(tidyverse)
library(dplyr)
library(ggpubr)
library(devEMF)
library(ggsignif)
##--
d2 <- read.csv("input_01.csv", header = T)
head(d2)
## 用one way anova計算 p value
pvalues <- sapply(d2$gene, function(x) {
res <- aov(expr ~ stage, data = subset(d2, gene == x))
summary(res)[[1]]$'Pr(>F)'[1] #
})
pv <- data.frame(gene = d2$gene, pvalue = pvalues)
##-----------------------------------------------------
gene pvalue sigcode
1 mRNA_01 0.009434952 **
2 mRNA_01 0.009434952 **
3 mRNA_01 0.009434952 **
4 mRNA_01 0.009434952 **
5 mRNA_01 0.009434952 **
3. 繪圖
ggplot(d2, aes(gene, expr, fill=stage)) +
geom_boxplot() +
geom_text(aes(gene, y=max(d2$expr) * 1.1,
label=paste("p = ",round(pvalue, 2))),
data=pv, #
inherit.aes=F) +
xlab(NULL)+ylab("Relative expression (log2)")+
## 更改主題
theme_classic()+ ##根據(jù)自己的喜好更改
## 添加顏色
scale_fill_brewer(palette = "Dark2")+ # Accent, Dark2, Paired, Pastel1, Pastel2, Set1, Set2, Set3
## 更改字體大小
theme(text = element_text(color = "black",size = 12),
axis.text.x = element_text(color = "black",size = 12),
axis.text.y = element_text(color = "black",size = 10))
往期文章（總匯）
01-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--精美火山圖
02-R語言可視化-精美圖形繪制系列--柱狀圖
03-R語言可視化-精美圖形繪制系列--功能富集分析
04-R語言可視化-精美圖形繪制系列—多組GO富集可視化
05-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--堆積圖]
06-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--組間相關(guān)性分析]
07-[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--Mental分析
08-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--復(fù)雜熱圖+兩圖漸變連線]-【轉(zhuǎn)載】
09-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--桑基圖（Sankey）]
10-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--柱狀圖誤差線標記]
11-跟著NC學(xué)作圖 | 柱狀圖與相關(guān)性圖
12-[R語言可視化-精美圖形繪制系列--GO、KEGG富集通路關(guān)聯(lián)圖]
13-[跟著“基迪奧生物學(xué)”作圖]--截斷圖
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小杜的生信筆記 ，主要發(fā)表或收錄生物信息學(xué)的教程，以及基于R的分析和可視化（包括數(shù)據(jù)分析，圖形繪制等）；分享感興趣的文獻和學(xué)習(xí)資料！
