一直以來都有學生信的念頭，一方面它確實是一個較為前沿和交叉的學科，另一方面覺得它也是一項實用的技術。然而，一直都沒有勇氣狠下心來去學習，一方面是對編程的畏懼，另一方面也確實是自己的的懶惰。這種邏輯思維，也是我們很多向往卻又不愿去爭取的一種矛盾心理，就像我們一方面羨慕別人姣好的身材，另一方面卻又懶得節食與運動一樣。
生物信息學，顯然一門與生物和計算機都有密切關系的交叉學科。一個接觸了十幾年生物知識的科研狗對生物部分倒不是那么懼怕，盡管分子生物學這類晦澀難懂的課程自己在上完課后很快還給老師，但至少還好撿起來，但信息部分，也就是計算機語言這塊，相信是很多想學生信的生物專業學生們所畏懼的。那么就先聊一聊我與計算機的那些前世今生吧。
我與計算機的前世今生
最早接觸計算機，還要源于高中。不像現在的小孩子一樣，一兩歲都有玩手機看電腦的意識了。那個時候，計算機還多被稱為微機，高中有一門課程叫信息技術。印象中第一位信息技術老師姓侯，一個看似剛畢業的大學生，有些瘦小，可能看上去有些像學生，而且有著高考壓力的我們對這種非高考科目本身的鄙視和不在意，他的課堂紀律都不太好，所以沒人把這課程當回事。印象中大家都喜歡上機課，因為那個時候可以聯網，很多人有了QQ號，男生們還可以借著這個機會玩游戲。而我在這時候，反而是頭疼的，因為自己的零基礎，除了開關機，打開電腦都是懵的。那時候老師教我們flash動畫制作，音頻剪輯，每次還要交作業。每次也只能求助于旁邊的同學。這些都還好，最頭疼的是，我們是新課改第一屆，畢業要求修滿144學分，而且高中畢業會考還要考信息技術上機。雖然考前老師帶我們練習過幾次，但自己心里還是沒底。而這個時候呢，平時玩的嗨的男生們反而一點不擔心，畢竟電腦莫得度啊，反而是班上的那些認真的女同學都擔心了起來，其中包括我，同學們都在想著各種招數。考試的那天，坐在我旁邊的隔壁班的男生，看他很快完成了題目，那會是真不會呀，想著求救人家，但又擔心被老師逮住。后來他做完要提交的時候，看著一旁急的臉紅脖子粗的我還給支了招，只是一會他就交卷走了。不過還是要感謝他這一招，那次會考，雖然信息技術只得了個C，但畢竟過了。班上有個學習很牛的女同學還掛了科，后來還專門去補考的。
所以，由于計算機啟蒙的晚，自己天生對這玩意有一些抵觸。高考后，也是我跟計算機的第一次親密接觸，在親戚家度過了一個多月每日與計算機相伴的時光。從最開始的只會開關機，一個多月后打字速度突飛猛進，都是QQ的功勞呢。那會自己先注冊了QQ號，進了QQ群，還注冊了yahoo郵箱，也會在百度上下音樂，慢慢的發現了它的美妙與便利。也在入學前，進入了大學QQ群，一下子拓寬了自己的視野。
進入大學，計算機成為我們學習生活中重要的工具。大一規定還不允許帶計算機，每到周末的時候，我們都會去學校的教育超市，呆上一個半天，男生沉迷于游戲，女生癡迷于電視劇。偶爾去晚了，還要排好久的隊。那個時候還流行QQ空間踩一踩，上校內，后來又陸續的有了農場，養魚，搶車位，小黑屋等游戲，那真是一代人的記憶啊。偶爾也會文藝的來一篇文章，期待朋友們的留言評論。每到選課的時候，教超一早都排起了長隊，很多人不得不跳課排隊選課。對了，那會圖書館也可以上網的，更便宜但是網速賊慢，多數情況下只有在做課程論文的時候才會去那里安心的碼字。
進入大二，我們有了計算機課程，班里也陸續有人買起了電腦。因為日常學習需要，我也加入了買電腦一族。那會買個筆記本還是覺得有些奢侈，班級很多人配起了組裝機，我也在班級同學的幫助下配了一臺，印象中主機只要一千多，而顯示器還是畢業季買的二手大頭，好像只要一百塊就拿下，還是班里的男生騎著電瓶車幫忙給拖回來的。對，就是那種很老式的那種帶大屁股的臺式機顯示器，這就是我的第一臺電腦。有了它的確方便了很多，也成為宿舍沒有電腦的同學的福音。
大二，除了計算機基礎，我們還接觸到了一門VB的課程。一開始自己還是覺得有些怕，尤其是上機寫各種代碼有些艱難。但慢慢的發現了其中的規律，看到實現運算的那一刻覺得好神奇，也逐漸有了興趣。記得VB上機課考試時，我提前完成了上機操作，考試得了99分，估計那一份是老師怕我驕傲吧。在后來的假期里，自己還私下學習，考取了計算機VB二級證書。至此，自己也不再是那個一無所知的小白了。
大四自己保了研，有了更多的時間去學習了解，由于將來做科研，看文獻寫文章繪圖等都離不開電腦，因此臨畢業前用自己的獎學金買下了第一部筆記本。還記得當時有個在京東做校代的學弟，于是找了他，其實自己對于電腦性能配置這塊還是小白，至于裝機啥的就更不用說了。從計算機品牌、配置到裝機及必需軟件的安裝，這個師弟都給搞得妥妥的。記得那會師弟說給配了個性價比最高的筆記本，宏碁的，i5處理器（那時候i5剛推出不太久），當時還是安裝的windows XP系統，買下來3999。不知是電腦的配置到位還是自己比較愛惜，這個筆記本在研究生期間沒出現過任何問題，只是在畢業寫論文階段感覺用起來比較卡，讓實驗室的師兄給加了個內存條，然后換成了64為的win7操作系統。
畢業后工作的兩年，因辦公室有臺式機，所以筆記本就放家里偶爾上個網，沒有太大需求所以一直都沒換。兩年后回爐攻博，顯然這個本子已經不夠用了。入學前的那個暑假，老公說獎勵自己一個新本子，讓我選擇。本來想入手mac的，去專賣店的時候說了自己的用途，人家竟然不推薦mac，說是擔心需要的生物學軟件沒有相應版本安裝。于是選擇就鎖定京東上買了，考慮到便攜輕巧，最后選了現在在用的這臺聯想xiaoxin，五千多買的，具體價格記不清了，當時好像是開學季有活動。拿到機子的那刻，還是興奮了許久，因為這個本子即輕巧又好看，打眼一看跟mac還有些許像呢。因為我走讀，每天帶來帶去也十分方便。只是好景不長，這個本子用起來并沒有那么的順心如意。在剛入學的一個多月后，有一天本子就藍屏了，辦公室旁邊正坐著實驗室搞生信的師弟，他看了下說是硬盤出問題了，建議我去專業維修點看下。好在買沒多久，去店里重新換了硬盤。只是換了硬盤之后，感覺機子比之前卡了很多。
本子也一直用到現在，簡單的日常使用也還可以，但開多了軟件就明顯感覺出來力不從心，除了便攜感覺這個本子性價比并沒有那么高。最近開始了生信學習，顯然在上面安裝linux太吃力，所以我也只能從python和R看起，都先裝windows練練手，待有眉目了再想辦法吧。老公說如果我學的好，過段時間會獎勵我一個mac。因為人在英國，不知道買mac是否劃得來，走著看吧。
生信大門的開啟
對生信的認識，最早還要源于大學。計算機課的時候，那會老師有提到交叉學科就點到過。但那個時候會覺得是一個有些高端又遙不可及的科目，也許一輩子都跟他無緣吧。研究生期間，接觸了各種分子生物學軟件，其實已經慢慢的在接近了生信，只是那個時候，二代測序剛剛興起，轉錄組不是每個實驗室都有錢測的，更談不上基因組等花費更為大的項目上了，所以說白了還是沒有需求。那時候認識一個師兄已經在生信領域小有建樹，已經開起了自己的培訓班，他是博士才開始自己入門的生信，但他本身很有想法很有鉆研勁頭，培訓班夜班的如火如荼，很多國內高校研究生甚至是講師都慕名而來學習。那會對他也只是羨慕和敬佩，自己還沒有去學習的意識。
研究生畢業工作后的兩年，我又重新步入了象牙塔。這個時候，隨著測序技術的成熟和價格的降低，組學技術已經越來越普及。而我所在的實驗室還有專門的人負責生物信息學分析，導師在組學分析上也有著自己的一套思路。這個時候，很顯然，我發現了學習生信的必要性和迫切性，雖然有些晚，但我覺得一切都還來得及，而且身邊還有已入門的過來人。博一我甚至還修了學院一個海歸老師的生信課程，打算開啟生信學習的大門。老師的課程還算精彩，但得知生信的所有分析都要基于linux這個全新的平臺后，自己還是退縮了，畢竟接觸一個新鮮事物需要花費大量的時間和精力。對于一個既要上課又要忙于實驗的科研狗來說，再抽出時間學習真的好艱辛，況且是一個即將步入而立之年的還要顧家的大齡女青年來說更是奢侈。而且，實驗室還有專門搞生信的同胞，也許那份依賴也讓自己多了個偷懶的理由。也曾在寒假背著電腦帶著資料要大干一場，最終也已系統沒裝完就告終。就這樣，博一這年，自己也就糾結于要學不學的糾結中，加上課題的不順讓自己處于進退的困境中。原計劃博一暑假去學習的課程也最終放棄，就這樣再次與生信大門擦肩而過。
2017年，在博一到博二過渡的過程中，是自己近三十年來最黑暗的日子。對現狀的不滿，對自己的過高要求，讓那段時間的自己一度陷入抑郁，也許曾以為自己不會走出，一輩子都暗無天日，還好后來及時止損，逐漸走出了陰霾。后來都常常在想，如果當時早點時間果斷學起了生信，讓自己忙碌，讓自己有事可做，讓自己多一個選擇也不至于那么迷茫，陷入那樣一個可怕的死循環。
然而逝去的時光總是不可追回，每一步走過的路都有它存在的理由。進入2018，我的生活又充滿陽光，我對未來又有了新的期待，在這一年，我決定重啟生信大門，這一次光明正大的走近它。
年初在微信上接觸到了python這個新興的語言，看到了它作為爬蟲工具的有趣性，當即報了一個在線課程，決定寒假學習。然而這次還是有些失敗，短暫的寒假基本上奔走于親戚家和出國準備中。二月底來到英國，開始規劃著自己這一年的安排。因為實驗條件的原因，自己無法繼續跟進實驗，只能以處理手頭數據、撰寫文章和安排下一步實驗為主，之外的時間學點新技術幫老公養一下細胞。
來這之前，自己在國內已經做了一些實驗，手上已經拿到了轉錄組數據，因為實驗室幾乎人手一套轉錄組數據了，如果單憑實驗室的一個師妹來分析確實很難，要排隊好久。自己年前的數據師妹也已經給進行了前期的簡單分析，需要后續進一步個性化的分析。這個時候自己會生信，如何從轉錄組中挖掘與生理生化契合的數據是多么的重要；這一年，如果做不了實驗，學一門有用的技術也是一個不錯的選擇。
在這里，也有一個小插曲，讓我更加堅定了盡快去開啟生信大門。我們所在的研究室隔壁是一個Genomic Centre，有次在跟該centre一個華人聊天了解到，這邊轉錄組學還是基于microarray在做，目前也是在嘗試二代測序，但是相關的分析也都還在摸索中，急需要招一個懂生信的工作人員。一個可以掛牌Genomic centre的單位竟然還拿不出一個真正做生信的專家來也確實有些寒酸。測序成本的降低必然會進一步推動測序技術的推廣，生信人員的需求也會日益增加。自己有需求，社會又需要，一直以來想學的想法為什么不去實現它？
在一次信息檢索中，我有幸接觸了北大生信專業的一個在讀生信博士的知乎live課程，他的課程通俗易懂但又實用，他會用實例帶我們一步步解決問題。聽完第一講，我就決定了要按他的思路來一步步學習，到現在也有差不多一個月的摸索，自己也慢慢有了思路，知道該看什么練什么，雖然需要大把的時間去閱讀，去練習，去鞏固，但有了方向，這些只是時間問題。
“凡是預則立，不預則廢”。任何一個想法不能單純的去想口號，需要有計劃安排，并一步步去執行它。最近在簡書上收獲了很多正能量，有人堅持日更逐漸成為簽約作者甚至即將出版新書；有人堅持學習語言，30歲后仍能夠拿到國外進修留學的機會。而這每一個成功者的背后都離不開自律和堅持。
我曾經是一個自認為還算是自律和堅持的人，一路走來也算較為順利的完成了一些重要的人生階段。然而行政工作的那兩年，真的讓自己松懈了很多，雖然上班也是兢兢業業，年度考核優秀，得到了領導的賞識，但下班后大把的時光也曾沉浸在追劇游玩中。當決定重新走入象牙塔深造時，這種經歷就變得可怕，我也知道17那一年的恐慌和迷茫跟這兩年的消遣時光有很大的關系。既然決定回歸，那必須拿出曾經的自律和堅持，再給自己一次拼搏的機會。“努力了，就不后悔”。
我的生信學習計劃
如何做到自律和堅持？在我看來定期的計劃和總結十分有必要，于是我給自己在簡書上開辟了一片小天地：專門對自己生信的學習之路進行記錄，一方面是學習筆記，留給自己也分享給他人；另一方面，也是為了監督自己，有些時候也許寫下來的想法更容易實現吧。
不念過往，不畏將來，一切從當下開始。趕緊開始制定我的學習計劃：
長期目標：希望通過近一年的學習，自己可以真正入門生信。具體為基于linux系統，通過python語言利用常用的軟件對轉錄組數據進行前期的處理，然后利用R語言進行后續的統計分析和繪圖。
任務分解：未達成上述目標，我需要掌握linux系統的基本操作，需要學習python語言和R語言。基于目前系統的考慮，我得先從python和R語言學起，待有一定基礎后想辦法搭建linux系統學習環境，開始進行簡單的項目處理。
學習安排：
1.R語言：
課程（知乎live在線課程和B站錄播課程）結合教材（R forBeginners），在windows系統下安裝R和R Studio，基本熟悉R語言的規則，會簡單常用的語句編寫和程序應用，會畫簡單的heatmap，plot圖等。預計用時2周（W17和W18），每周寫總結1篇。
2.Python語言：
課程（微信有講課程）結合教材（從零開始學python網絡爬蟲，編程小白的第1本python入門書），在windows系統下安裝python和PyCharm，基本熟悉python語言的規范，會簡單的網絡爬蟲。預計用時2周（W19和W20），每周寫總結1篇。
3.Linux系統入門：
教材（鳥哥的私房菜）結合網絡視頻（Youtube），熟悉linux系統常用的命令并在windows下自帶的bash下練習基本命令。待熟悉及硬件條件成熟后，安裝linux系統，并基于此系統整合之前R和Python，下載轉錄組分析相關的軟件，并熟悉其用法。預計用時3周，每周寫總結1篇。
4.RNA-seq流程分析
結合之前學習的知乎課程（如何快速入門生物信息學）、本實驗室發表的相關轉錄組文獻及youtube相關視頻，總結出適合自己的一套轉錄組分析流程及相關軟件使用。預計用時1周，寫總結1篇。
5.項目小試
下載當前設備可接受的一套數據進行練習,熟悉整個流程及軟件的使用。
6.正式入門生信
結合前期學習，進行總結，爭取回國后可用本實驗室服務器進行項目分析。
備注：以上是自己暫定的學習思路及時間安排，具體以實際執行為準。
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2018.4.29凌晨 豬豬頭于倫敦
