signatureDB - B cell數(shù)據(jù)庫
CancerSEA - 癌癥單細胞
KIT（腎臟單細胞數(shù)據(jù)庫）：http://humphreyslab.com/SingleCell/
血管細胞數(shù)據(jù)庫：http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html
PlantscRNAdb：http://ibi.zju.edu.cn/plantscrnadb/
植物單細胞marker gene數(shù)據(jù)庫，詳細介紹在此：Mol Plant | 浙江大學樊龍江團隊建立植物單細胞RNA分析數(shù)據(jù)庫
CellMarker：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/
該數(shù)據(jù)庫只針對人和鼠，通過手工整理超過10萬篇已發(fā)表的論文，收集了158個人組織467種細胞13605個marker，81個小鼠組織389種細胞9148個marker。
PanglaoDB：https://panglaodb.se/index.html
PanglaoDB數(shù)據(jù)庫是一個單細胞轉錄組數(shù)據(jù)庫包含了超過1000個單細胞實驗的預處理和預計算分析，涵蓋了大多數(shù)主要的單細胞平臺和分析流程，基于來自各種組織和器官的超過400萬個細胞。它包含了6000多個marker基因，可用于細胞分群注釋的marker數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)主要源于已經(jīng)公開發(fā)表的單細胞轉錄組數(shù)據(jù)。
CancerSEA：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/home.jsp
CancerSEA是一個旨在單細胞水平上全面探索癌細胞的不同功能狀態(tài)的多功能網(wǎng)站，涉及14個細胞功能狀態(tài)，是25種癌癥類型的900個癌癥單細胞。
Mouse Cell Atlas：http://bis.zju.edu.cn/MCA/index.html
小鼠單細胞圖譜數(shù)據(jù)庫–浙江大學郭國驥老師團隊。
SCPortalen：http://single-cell.clst.riken.jp/
人類和小鼠單細胞中心數(shù)據(jù)庫。當前該網(wǎng)站收錄了人類79種細胞類型的20761個單細胞以及小鼠119種細胞類型的46385個單細胞的單細胞轉錄組數(shù)據(jù)。
scRNASeqDB：https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/index.php?csrt=11272935744226394604
第一個人類單細胞轉錄組數(shù)據(jù)庫,包含了38個人類單細胞轉錄組數(shù)據(jù)集，覆蓋200個人類細胞系或細胞類型和13440個樣本。
Single Cell Expression Atlas：https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home
歐洲分子生物學實驗室（EMBL）收集整理的單細胞數(shù)據(jù)。
SignatureDB：https://lymphochip.nih.gov/signaturedb/
收集整理marker gene的數(shù)據(jù)庫。
Single Cell Portal：https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell
該網(wǎng)站開發(fā)的主旨為：促進科學成果的共享，并傳播因單細胞測序技術而產生的數(shù)據(jù)。相比于前三個數(shù)據(jù)庫（多為低通量測序數(shù)據(jù)，細胞數(shù)較少）來說，Single cell portal收錄了169個研究的4152655個單細胞的測序數(shù)據(jù)。
KIT（腎臟單細胞數(shù)據(jù)庫）：http://humphreyslab.com/SingleCell/
對一些腎臟單細胞文章進行了整理，構建了一個腎臟單細胞數(shù)據(jù)集的在線分析數(shù)據(jù)庫。
血管細胞數(shù)據(jù)庫：http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html
構建了小鼠腦和肺血管及血管相關細胞類型數(shù)據(jù)庫, 數(shù)據(jù)庫包含腦的3436個單細胞單細胞轉錄組以及小鼠肺的1504個單細胞轉錄組。
腦細胞數(shù)據(jù)庫：https://web.stanford.edu/group/barres_lab/brain_rnaseq.html
專門針對人腦單細胞構建的數(shù)據(jù)庫。
CellTalkDB：http://tcm.zju.edu.cn/celltalkdb/index.php
浙江大學藥學院范驍輝教授課題組通過對已知蛋白質-蛋白質相互作用數(shù)據(jù)庫進行文本挖掘和手動驗證，建立了一個人類和小鼠配體-受體相互作用對（LR interaction pairs）的綜合數(shù)據(jù)庫。
ColorCells：http://rna.sysu.edu.cn/colorcells/
單細胞lncRNA數(shù)據(jù)庫。
JingleBells：http://jinglebells.bgu.ac.il/
JingleBells將單細胞數(shù)據(jù)劃分為免疫和非免疫類，共收錄120篇免疫相關以及182篇非免疫的單細胞文獻，且數(shù)據(jù)庫仍在持續(xù)更新中。這是標準化單細胞RNA-Seq數(shù)據(jù)集的存儲庫，用于在單細胞水平上進行分析和可視化。
Cell BALST：https://cblast.gao-lab.org/
Cell BLAST是一個自帶高質量參考數(shù)據(jù)庫的scRNA-seq數(shù)據(jù)檢索/注釋工具，能做細胞類型鑒定、發(fā)現(xiàn)新細胞類型、注釋連續(xù)細胞狀態(tài)。
scTPA：http://sctpa.bio-data.cn/sctpa
scTPA是用于在人和小鼠中基于生物途徑激活進行單細胞轉錄組分析和注釋的網(wǎng)絡工具。數(shù)據(jù)庫收集了具有不同功能和分類的大量生物途徑，這有助于識別細胞類型注釋和解釋的關鍵途徑。
sc2disease：http://easybioai.com/sc2disease/home
用來分析疾病當中的細胞和正常細胞哪些基因有差異。
iSyTE：https://research.bioinformatics.udel.edu/iSyTE/ppi/index.php
眼睛發(fā)育數(shù)據(jù)庫。
DBTMEE：http://dbtmee.hgc.jp/
小鼠早期胚胎發(fā)育數(shù)據(jù)庫。
StemMapper：http://stemmapper.sysbiolab.eu/
干細胞發(fā)育數(shù)據(jù)庫。
EMAGE: http://genex.hgu.mrc.ac.uk/Emage/database
小鼠胚胎發(fā)育空間轉錄組數(shù)據(jù)庫。
stemformatics：https://www.stemformatics.org/expressions/gene_expression_graph
針對干細胞構建的單細胞數(shù)據(jù)庫。
https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.datasets/
This website contains a collection of publicly available datasets used by the Hemberg Group at the Sanger Institute. 包含小鼠和人的多個組織。
https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets
10x Genomics 官方提供了多種測序數(shù)據(jù)，主要探究 10x Genomics 技術差異。
LnCeCell：http://www.bio-bigdata.net/LnCeCell/
哈爾濱醫(yī)科大學李霞教授團隊出品（沒錯，又是李教授團隊，實際上他們還開發(fā)了很多的非常有用的lncRNA數(shù)據(jù)庫比如lnc2cancer、LnCeVar、LncTarD等），
SC2disease：http://easybioai.com/sc2disease/
來自西北工業(yè)大學、西安交通大學、哈爾濱工業(yè)大學、復旦大學和天津大學的研究團隊共同開發(fā)的、人工整理的人類疾病單細胞轉錄組數(shù)據(jù)庫，
HCA(Human Cell Atlas)：https://data.humancellatlas.org/
人類細胞圖譜計劃，目前規(guī)模比較大、覆蓋比較全面的單細胞數(shù)據(jù)庫。
SCEA(Single Cell Expression Atlas)：https://www.ebi.ac.uk/gxa/sc/home
歐洲EMBL-EBI的單細胞數(shù)據(jù)庫，收集了包括14個物種、181個study、403萬個細胞。
HCL(Human Cell Landscape)：https://db.cngb.org/HCL/
浙江大學郭國驥教授開發(fā)，包括人類50種組織的超過70萬個細胞，劃分為102個cluster，可以查詢每種組織、每個cluster的marker基因。可以上傳和下載數(shù)據(jù)自行分析。
scRNASeqDB:https://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/
第一個人類單細胞轉錄組數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)庫收錄了38個單細胞轉錄組數(shù)據(jù)集的13440個樣本的信息，其中GEO數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)集有36個，用戶可根據(jù)基因gene或細胞類型cell來搜索基因表達的信息，同時scRNASeqDB還提供可查詢和可視化工具，包括基因、細胞類型或群體間差異表達基因的注釋信息，另外用戶還可以通過Dataset View功能瀏覽數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)信息。
