單細胞數據庫

最近在處理單細胞數據，然后處理的物種要么是大鼠的要么是斑馬魚的，可是上網搜的話一般都是人和小鼠的單細胞數據庫，算了做一番整理吧。要是有大鼠和斑馬魚的就更好了

一、human 和mouse的單細胞數據庫

人鼠單細胞數據庫，比較全面，數據庫里面也有cell type Marker

界面不是那么好用，數據應該含有挺多物種的，也包括人和小鼠的

歐洲生物信息學中心，一共有 9 species, 52 studies, 61,073 assays。含有常用的物種，比如果蠅，斑馬魚，小鼠，大鼠，當然還有人的，但是物種的數據量不大。

人和小鼠的數據庫

小鼠的數據庫

二、celltype 所對應的細胞類型

  • 1.CellMarker - 總結了目前的celltype對應的marker，同時給出了數據的文獻鏈接。
  • 2.signatureDB - B cell數據庫

參考：
單細胞轉錄組聚類后的細胞類群如何查找數據庫來定義
單細胞數據庫匯總

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