今天想記錄一個bug，先前的項目從來沒出問題的，這次突然好幾個項目都卡在了這一步。
這是GATK中的一步，報錯信息如下：
運行的命令是：
java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log
解決的辦法是：添加了一個參數--filter_bases_not_stored
命令改為
java -Xmx5G -jar ~/exome_software/GenomeAnalysisTK.jar -T PrintReads -R ~/Database/ucsc.hg19.fasta -I ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.bam -BQSR ./5.varcalling/aaa.recal.grp -o ./5.varcalling/aaa.sort.rmdup.recal.bam -log ./5.varcalling/aaa.printReads.log --filter_bases_not_stored
就可以了。
原因我也不太清楚，先前一直沒有問題，而且有的能跑出結果，有的就報錯。可能最近在調試GATK4 ，導致軟件的各種版本，很亂
