序列比對和序列特征分析總目錄
蛋白質具有多種生物學功能，具體可參照《生物化學》。蛋白質若發揮生物學功能，須以空間結構形式。而蛋白質多肽鏈一旦合成，即可在其他物質協助下，自然折疊，形成一定的空間構象。
- 1 如果兩種蛋白質一級結構相似，那么其空間結構和功能也相似，也有例外。
- 2 分子進化角度，來自不同種屬生物體的同一功能的蛋白質，進化位置距離 越近，那么他們一級結構的差別越小。
因為蛋白質的空間結構是發揮功能的基礎，凡是能影響蛋白質構象的物化和生物因素等，均可影響其功能。
蛋白質所具有的生物學功能常與一些特殊的結構有關，如特定的基序（又叫模體，motif）和結構域（domain）。具有相同基序或結構域的蛋白質可歸為一大類，叫超家族（super family）。
依照蛋白質序列特征進行功能預測，主要有以下幾種方法：
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1 基于蛋白質基序
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2 基于結構域
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3 基于同源性搜索
基于蛋白質motif
motif是指與蛋白質特定功能相關，具有特定的氨基酸排列順序的片段。如鋅指結構
數據庫PROSITE：Database of protein domains, families and functional sites
截止今天，20190202，PROSITE contains 1821 documentation entries, 1310 patterns, 1232 profiles and 1256 ProRule.
PROSITE
PROSITE可以做什么
可以通過蛋白的UniProtKB中的ID，PDB ID或FASTA格式的蛋白質序列在PROSITE中搜索，判斷該序列包含的功能位點，從而推測其可能屬于哪個蛋白質家族。
還是以HGFAC為例，其UniProtKB ID 為Q04756
結果1
結果2
