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群體進(jìn)化選擇消除分析要做選擇性消除分析，首先就要把如下的理論記住熟記于心。 中性進(jìn)化假說： 分子水平上，生物的演化或物種的進(jìn)化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也稱基因遷移） 是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入...
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基因流分析——D統(tǒng)計(jì)基本概念 基因滲入(introgression)： 是在遺傳學(xué)中，指兩個(gè)基因庫間的基因流動(dòng)，通常是經(jīng)過種間雜交產(chǎn)生。基因滲入是一個(gè)長期的過程，它...
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群體遺傳學(xué)統(tǒng)計(jì)指標(biāo)——種群核苷酸多樣性
理論 種群核苷酸多樣性，顧名思義指的就是核苷酸多樣性，值越大說明核苷酸多樣性越高。通常用于衡量群體內(nèi)的核苷酸多樣性，也可以用來推演進(jìn)化關(guān)系。計(jì)算...
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群體結(jié)構(gòu)——系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建最近雜事真的非常的滿，終于找到時(shí)間更新一下。。。。 通過上一篇文章的介紹，系統(tǒng)發(fā)育樹的基本概念[http://www.lxweimin.com/...
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基因組比對結(jié)果的可視化IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地使用的基因組可視化神器，不管你用何種系統(tǒng)基本上都可找到對應(yīng)的安裝包，方...
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群體結(jié)構(gòu)——Structure堆疊圖詳細(xì)畫法
基本概念 基迪奧有篇文章寫得非常的簡單明了，我這里就不再贅述，大家移步去搞清楚基本知識。 群體結(jié)構(gòu)圖形——structure堆疊圖[https:...
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群體結(jié)構(gòu)——PCA分析概念 PCA（principal components analysis）即主成分分析。主成分分析也稱主分量分析，旨在利用降維的思想，把多指標(biāo)轉(zhuǎn)...
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群體遺傳學(xué)親緣關(guān)系分析
親緣關(guān)系分析實(shí)操 前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID...
