IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地使用的基因組可視化神器，不管你用何種系統(tǒng)基本上都可找到對應(yīng)的安裝包，方便且實(shí)用。只需要導(dǎo)入?yún)⒖蓟蚪M文件以及bam或者bw文件即可。
IGV安裝
提前裝好java，去IGV的官網(wǎng)下載和自己系統(tǒng)對應(yīng)版本的exe文件，常規(guī)安裝即可。
下載鏈接：http://software.broadinstitute.org/software/igv/download（MAC，Windows，linux版）
IGV操作界面展示
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
基因組文件
用于比對的參考基因組.fa格式文件。注意：序列名稱一定不要有奇怪的字符，如%$#@()等。
比對文件及索引文件
無論用什么比對工具，如bwa、bowtie2、hisat2等，生成sam文件后，轉(zhuǎn)換為bam文件，同時對bam文件進(jìn)行排序。而后建立排序好的bam文件的索引文件（.bai文件）。
#bam文件排序：
samtools sort xxx.bam xxx.sorted.bam
#bam文件構(gòu)建索引：
samtools index xxx.sorted.bam
軟件使用
導(dǎo)入基因組文件
IGV中存儲了部分參考基因組，可以在第一個下拉框下尋找，如果有，直接點(diǎn)擊系統(tǒng)將自動導(dǎo)入；如果沒有，則選擇Genomes->Load Genomes From Files 導(dǎo)入本地的基因組fa文件。
導(dǎo)入bam文件
File->Load from File， 導(dǎo)入bam。
選擇自己感興趣的區(qū)域
導(dǎo)入后在藍(lán)框選擇感興趣的染色體/contig，即可展示該染色體/contig區(qū)域reads的覆蓋情況。之后還可以在綠框鍵入感興趣的基因組位置（格式：染色體：起始位置-終止位置），即可展示展示出所選區(qū)域reads的覆蓋情況。如果你選擇的區(qū)間過大，在reads覆蓋區(qū)會出現(xiàn)Zoom in to see coverage，這時點(diǎn)擊放大按鈕即可展示覆蓋情況。
調(diào)整可視化效果
在各區(qū)域，點(diǎn)擊鼠標(biāo)右鍵，會出現(xiàn)一個很長的下拉菜單，摸索一下就會了，在這里就不贅述。
圖片保存
右鍵后Save image。
參考：
IGV官方網(wǎng)站：http://software.broadinstitute.org/software/igv/userguide。
