往期教程 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第一課: 對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行注釋 「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第二課: 畫出和文章幾乎一樣的PCA圖 SNP位點(diǎn)過濾 SNP過濾...
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「群體遺傳學(xué)實(shí)戰(zhàn)」第三課: 如何對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行過濾
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推薦一款好用的基因結(jié)構(gòu)圖在線繪制工具！科研繪圖是一項(xiàng)基本技能，之前為大家分享過一期我們組學(xué)大講堂繪圖工具合集：收藏貼-繪圖工具教程合集-科研必需技能！共20類37種繪圖方法，基本涵蓋...
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「代碼記錄」WGCNA篇Nov 21, 2019更新 => 修正部分function代碼，實(shí)現(xiàn)了導(dǎo)出gene2module 目的 最近有個(gè)項(xiàng)目又準(zhǔn)備跑WGCNA，...
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SNP在染色體上的密度分布圖有兩種方法，先看比較簡(jiǎn)單的一種： 結(jié)果： 第二種方法就比較復(fù)雜了，需要準(zhǔn)備兩個(gè)文件：一個(gè)是包含染色體長(zhǎng)度的文件chr_length.txt...
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進(jìn)化保守的基因區(qū)塊-可視化挖掘
寫在前面 物種進(jìn)化與基因進(jìn)化，兩者總是生物學(xué)研究的關(guān)注點(diǎn)之一。物種進(jìn)化的基礎(chǔ)，應(yīng)是基因?qū)用娴难莼６蜻M(jìn)化的基礎(chǔ)更多的來源于基因復(fù)制。常見的基...
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motifmatchr: 在R語言中分析peak中里是否有motif匹配
motifmatchr的作用就是分析眾多的序列和眾多的motifs, 從中找到哪個(gè)序列包含哪個(gè)motif. 它的核心函數(shù)就是matchMotif...
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HMMRATAC檢測(cè)ATAC數(shù)據(jù)的開放性
背景 目前，已經(jīng)衍生出多種用于檢測(cè)染色質(zhì)開放性的試驗(yàn)方法。比如， DNase-seq， FAIRE-seq和ATAC-seq，其中ATACA-s...
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「BioNano系列」如何進(jìn)行cmap之間的比對(duì)BioNano以cmap格式存放光學(xué)圖譜，為了評(píng)估基因組的組裝質(zhì)量或者了解光學(xué)圖譜中冗余情況(高雜合基因組組裝結(jié)果偏大)，我們就需要進(jìn)行cmap...
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使用NextDenovo組裝Nanopore數(shù)據(jù)
NextDenovo是武漢未來組胡江博士團(tuán)隊(duì)開發(fā)的一個(gè)三代組裝工具，能夠用于PacBio和Nanopore數(shù)據(jù)的組裝。但是從官方的介紹而言，此工...
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「JCVI教程」如何基于物種的CDS的blast結(jié)果繪制點(diǎn)圖(dotplot)這是唐海寶老師GitHub上的JCVI工具的非官方說明書。該工具集的功能非常多，但是教程資料目前看起來并不多，因此為了能讓更多人用上那么好用的工...
專題公告
生物信息學(xué)（Bioinformatics）是一門交叉科學(xué)，它包含了生物信息的獲取、加工、存儲(chǔ)、分配、分析、解釋等在內(nèi)的所有方面，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具，來闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義。它隨1990年人類基因組計(jì)劃（HGP）的實(shí)施和信息技術(shù)的發(fā)展而誕生，現(xiàn)已迅速發(fā)展成為當(dāng)今生命科學(xué)最具吸引力和重大的前沿領(lǐng)域，為生物學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)、信息科學(xué)等專業(yè)的高素質(zhì)人才提供了更廣闊的發(fā)展天地
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