@老板拿兩盒鳳梨酥 可能是你的基因集確實沒有富集，還有就是可能你的物種和數據庫里的差距太大，在尋找同源基因的時候沒有找到，導致后邊沒有富集。
非模式生物KEGG富集分析寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應信息，所以無法使用公共數據庫進行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
發簡信
IP屬地：湖北
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先獲得每個ko對應的K的數量，以文中的圖為例是ko00100對應的K有663個，然后可以用R語言獲得一個重復ko00100 663次的table，類似這種操作。
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應信息，所以無法使用公共數據庫進行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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@keep_8a60 KO號是不對應物種的，選特定物種的時候在pathway那里應該有organism的選項。
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應信息，所以無法使用公共數據庫進行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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@小明在做游戲 首先獲得每個ko對應的K的數量，以文中的圖為例是ko00100對應的K有663個，然后可以用R語言獲得一個重復ko00100 663次的table，類似這種操作。
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應信息，所以無法使用公共數據庫進行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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一個高雜合真菌基因組組裝腳本（改代碼版）
前言及背景 什么是基因組de?novo測序？其是對某一物種進行高通量測序，利用高性能計算平臺和生物信息學方法，在不依賴于參考基因組的情況下進行組裝，從而繪制該物種的全基因組序...
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我太不理解您所說的brite具體是指什么，其實pathway也是一個brite，較低層級的brite就是特定的酶，一般是沒法富集的，而更高層級的brite又太寬泛了，不適合于直接富集。這是我個人的一個理解，可以供您參考。
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應信息，所以無法使用公共數據庫進行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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基因組組裝----SPAdes(一)
關于基因組組裝的流程可以參考我的簡書:http://www.lxweimin.com/p/e02ecd537c83 前面介紹了SOAPdenovo2的使用，但是由于結果整體不...
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生物類論文查重那些事1歡迎大家關注 生信菌 公眾號，后續內容會同步發布到微信公眾號。 前言 又到了一年一度的畢業季，今年學術圈學術不端的大瓜不少，明星翟博士事件也是煽風點火，疫情使得本來就“不...
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WGCNA構建共表達網絡一這次用的數據是幾百個小鼠性狀的數據。 一：安裝 打開Rstudio 二：運行 1.構建共表達網絡 2.尋找最佳 β 首先確定sftpowerEstimate = 6。還有ne...
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目前做結構變異，歡迎交流
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第一步相當于得到背景基因，后續做富基分析時再用差異基因做。
非模式生物KEGG富集分析
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@老楊_5843 是的，這一步是先把你自己的物種的基因或蛋白和KEGG數據庫中的做比對
非模式生物KEGG富集分析
寫在前面 因為我研究的物種比較小眾，很多注釋不完全，R包AnnotationHub中也沒有對應信息，所以無法使用公共數據庫進行kegg富集分析。所以自己嘗試使用KAAS造一個...
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fastQC對RNA-seq質控
FastQC - A high throughput sequence QC analysis tool fastqc安裝 1. 下載fastqc安裝包（http://www...
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FastQC處理二代測序原始數據的質量結果解讀當二代測序的原始數據拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的質量。常用的工具就是fastqc (http://www.bioinformatics.babraham...
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自己構建物種包OrgDb，然后用clusterProfiler富集分析
利用clusterProfiler進行富集分析時，發現網上沒有物種包OrgDb，利用網上教程構建了一個。主要參考了劉小澤的簡書，特別感謝一下！！！ emapper首先得到注釋...
