關于細胞互作可視化，我們的內容已經很多了，小伙伴依然有其他中意的內容，這里復現一篇cancer cell圖表，使用Edge bunding plot展示互作結果，ligand...
發簡信
IP屬地：重慶
-
復現cancer cell圖表：【函數】Edge bunding可視化cellchat及cellphonedb細胞互作結果 -
Circular Plot系列(五): circle plot展示單細胞互作這是我們circle系列的最后一節，我想常見的弦圖是繞不開的，所以最后從前面介紹的circle plot思路，做一遍弦圖。其實前面的內容如果消化了，plot互作弦圖也就不成什...
-
Circular Plot系列(三)：【視頻教程】復現NCS圖表之高大上的單細胞UMAP環形圖高端復雜的UMAP復現： 這又是一個高大上且炫酷的單細胞UMAP圖，展示的信息很多，有大類細胞和亞群，以及marker基因和cell count信息，還可以增加其他的分組信息...
-
Circular Plot系列(一): 環形熱圖繪制針對近期多個粉絲咨詢環形圖的繪制，我意識到，我們似乎沒有真正介紹過circle圖，但這一類圖確是非常常用的圖，所以這里詳細學習一下circle的繪制，使用的是circlize...
-
學習NC文章:單細胞亞群相關性及三角熱圖繪制熱圖我們做過很多，參照公眾號熱圖系列，這里介紹三角熱圖的繪制，演示corrplot的參數設置。為了讓演示有意義，這里的熱圖數據使用單細胞亞群相關分析數據演示，之前我們簡單介紹...
-
復現Nature圖表：學習nature代碼之聚類樹+基因表達氣泡圖這里我們要復現和學習的是一篇nature文章的圖表，這篇文章提供了figure的代碼以及數據，我們要復現的是Figure1b。圖很簡單，就是兩部分組成，左邊是聚類樹，cell...
-
單細胞Seurat分析基本可視化實現python版Scanpy風格這個問題我們之前提到過，很多小伙伴可能看到某些文章中這樣的可視化，很感興趣，其實熟悉python分析的小伙伴一眼就可以看出是scanpy出圖，雖然R也能實現這樣的效果，但是自...
-
視頻教程）NMF: 單細胞非負矩陣分解R語言版-數據降維及MetaProgram分析NMF：非負矩陣分解，大家應該不會陌生，大家或多或少的聽說過，我們之前介紹一個R包geneNMF（GeneNMF: 基于NMF（非負矩陣分解）的基因程序識別及可視化）替代NM...
-
單細胞基因熱圖多重注釋函數-可標記基因及添加富集分析結果在寫NMF帖子的時候，需要plot基因熱圖，參考：（高分SCI單細胞圖表：多層注釋熱圖函數[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYz...
-
Hotspot分析(1)：單細胞轉錄組識別信息基因（和基因模塊）這一期我們介紹一個常見的，高分文章引用很高的一個單細胞轉錄組分析工具Hotspot，它可針對單細胞轉錄組數據識別有意義基因或者基因module，類似于聚類模塊。所謂的”inf...
-
GeneNMF: 基于NMF（非負矩陣分解）的基因程序識別及高級可視化Non-negative matrix factorization（NMF）非負矩陣分解是一種popular的矩陣分解方法，它允許從一組非負數據向量中提取稀疏和有意義的特征。...
-
mascarade包推薦學習-單細胞降維圖修飾之框選celltype單細胞降維圖celltype框選一直是可視化中很多人喜愛的，之前我們也介紹過一些。都或多或少有些不理想，不如AI來的直接，不過最近看到一個優秀的包---mascarade，圈...
-
scATAC聯合scRNA之signac分析(一）:cellranger-atac上游scATAC數據處理/公共數據庫挖掘演示這是一個新的系列，關于signac分析scATAC數據，我們從上游開始。我們之前在介紹ArchR的時候，介紹過cellranger-atac分析scATAC上游數據（Arch...
-
Supercell: 單細胞轉錄組metacell分析(詳細注釋版）Metacell或者中文直接翻譯叫元細胞大家相比都聽過。簡單點說就是cell合并，將相似的細胞合并。為什么說這個，主要是為了compass單細胞轉錄組代謝分析,想做compa...
-
復現NC圖表：二分圖 (bipartite plot) 網絡繪制（三種方法）-應用于細胞互作受配體展示-調控網絡展示等等如題，這個標題有點長，首先我們需要展示的圖是bipartite plot，中文有叫二分圖、連線圖的，總之就是展示兩組之間網絡關系。可以應用的地方有很多，不只是我們介紹的互作關...
-
復現nature圖表：雙重組合-漸變背景火山圖-效果？無需多言杠杠的！復現一篇Nature medicine的火山圖，如下： （reference：Sex-dependent APOE4 neutrophil–microglia interac...
-
【改裝函數】弦圖-可視化cellphonedb細胞互作結果接上一節（【視頻教程】Cellphonedb v5更新：python版Scanpy單細胞分析后續之cpdb細胞通訊[http://mp.weixin.qq.com/s?__b...
-
【視頻教程】Cellphonedb v5更新：python版Scanpy單細胞分析后續之cpdb細胞通訊之前我們演示cpdb分析的時候側重的是R分析seurat對象準備input data，小伙伴提到“我單細胞一開始就是用scanpy分析的，怎么進行CPDB分析呢？”，其實之前...
-
Scanpy單細胞h5ad數據轉化為Seurat對象參考：https://mp.weixin.qq.com/s/x4HOHNwikvuTCRK4kQRjRA?token=971255988&lang=zh_CN[https:/...
-
【一鍵函數】單細胞marker基因平均表達量熱圖函數這是一個集成的函數，很多小伙伴被一些美圖”迷了眼“，需要這樣、那樣的形式。單獨做又很麻煩，且容易出錯。要求既要這樣展示，又要那樣展示。所以我們直接做了一個集成的函數，完成一些...