從MSigDB獲取指定的基因集 并用GSVA包包裝成一個GeneSet
IP屬地：北京
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Python安裝pyradiomics報錯報錯無法構建SimpleITK包 處理辦法比較簡單，安裝一個較低版本的SimpleITK即可，實測1.2.4可用。 該報錯處理過程來自CSDN博主@荷花姨[https://b...
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【影像組學從0單排】如何處理shape長度大于3的圖像處理大量醫學影像的時候，可能會夾雜一些非CT或者MRI的影像，從而導致批量的循環報錯，比如在一堆CT中摻雜了一個重建圖像： 通過讀取文件的header可以看到nii的shap...
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哪一步出的錯？哪個函數？
R語言ESTIMATE包報錯
在運行ESTIMATE包的時候，需要先把表達矩陣輸出成txt，然后運行filterCommonGenes函數，轉換成gct文件，在轉換這一步總是報錯，錯誤提示是： 排除了變量...
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轉錄組測序分析-上游分析一、認識轉錄組 RNA作為基因組和蛋白質組之間的鏈接部分，是分子生物學中獨特的核心活動。轉錄組測序是分析某一組織中的全部RNA的表達量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
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python安裝導入openslide報錯做病理組學研究，需要安裝和導入openslide包，但是這個包比較特殊，安裝起來比較麻煩。記錄如下。 安裝 最開始通過conda安裝，換了幾個channel都沒有找到，最后只...
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掃描服務器上未占用的端口并用于python
掃描端口 下載好Xshell后，再下載安裝一個nmap插件。下載地址： 安裝完成后，打開shell，不用登錄服務器，直接在本地運行命令 -p 參數在nmap里意思是掃描指定的...
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在服務器上新建python環境并使用jupyterlab
連接服務器 通過xshell連接到服務器。 配置環境并安裝依賴 在xshell中新建一個環境 創建完環境后，需要執行conda init命令來初始化shell，隨后注銷并重新...
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@凡夫俗子張之維 你要不就在重采樣的image上勾畫，要不就勾畫完之后把mask和image再配準一下
pyradiomics報錯“Inputs do not occupy the same physical space”
今天遇到pyradiomics的一個新報錯，記錄一下還是在提取特征的時候，彈出了報錯： 關鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
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@凡夫俗子張之維 你這個好像是mask和image沒配準？
pyradiomics報錯“Inputs do not occupy the same physical space”
今天遇到pyradiomics的一個新報錯，記錄一下還是在提取特征的時候，彈出了報錯： 關鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...
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@zzg_60df 我也是校園網，但是沒掛梯子，如果是這樣的話，會不會是包的原因？您這個curl包的版本號是多少？要不要考慮把這個包卸了重新裝一下？如果還是解決不了，并且您不嫌麻煩的話，不妨試一下把R、Rstudio和Rtools全都卸掉重新裝一遍，之前我KEGG報錯一直解決不了，重新卸了所有依賴包，清空了所有緩存，從頭開始裝，最后搞定了，我水平有限只能想到這個笨辦法了哈哈
R語言biomart包獲取小鼠的基因長度
接上回的故事，公司給了新一批的數據，但是批次效應比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現了負值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉fpkm。目...
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@zzg_60df 我今天試了一下，沒有遇到您這個報錯，不過我的host是ensemble.org，具體代碼如下：
bmart <- useMart(biomart = "ENSEMBL_MART_ENSEMBL",
dataset = "hsapiens_gene_ensembl",
host = "www.ensembl.org")
您能用瀏覽器打開ensemble.org么？是校園網么？R語言biomart包獲取小鼠的基因長度
接上回的故事，公司給了新一批的數據，但是批次效應比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現了負值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉fpkm。目...
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是哪一步報錯的呢？好奇怪啊這個報錯
R語言biomart包獲取小鼠的基因長度
接上回的故事，公司給了新一批的數據，但是批次效應比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現了負值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉fpkm。目...
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R語言biomart包獲取小鼠的基因長度
接上回的故事，公司給了新一批的數據，但是批次效應比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現了負值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以需要counts轉fpkm。目...
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R語言讀入表格報錯
師姐發我新的轉錄組數據讓我處理，是一個103M的txt文件，我的小電腦跑得慢，就嘗試直接用R讀進來試一下。 但是出現了如下的報錯： 我一開始沒注意看報錯，以為是因為有空值的原...
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生存分析（2）之前寫過生存分析的數學相關基礎知識，這次直接使用R語言進行生存分析的實戰演練。 1. 生存分析 導入示例需要的數據 看一看這個數據里面都有什么 有這幾項數據 這幾項數據的含義...
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@cbndufbreijgn 哈哈能幫上忙就最好！
R語言ESTIMATE包報錯
在運行ESTIMATE包的時候，需要先把表達矩陣輸出成txt，然后運行filterCommonGenes函數，轉換成gct文件，在轉換這一步總是報錯，錯誤提示是： 排除了變量...
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pyradiomics報錯“Inputs do not occupy the same physical space”
今天遇到pyradiomics的一個新報錯，記錄一下還是在提取特征的時候，彈出了報錯： 關鍵的字段是“Inputs do not occupy the same physic...