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【R常用代碼】MSigDB基因集包裝為GeneSet
從MSigDB獲取指定的基因集 并用GSVA包包裝成一個GeneSet
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Python安裝pyradiomics報錯報錯無法構建SimpleITK包 處理辦法比較簡單，安裝一個較低版本的SimpleITK即可，實測1.2.4可用。 該報錯處理過程來自CSDN博...
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【影像組學從0單排】如何處理shape長度大于3的圖像處理大量醫學影像的時候，可能會夾雜一些非CT或者MRI的影像，從而導致批量的循環報錯，比如在一堆CT中摻雜了一個重建圖像： 通過讀取文件的hea...
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Python中merge函數的用法
示例代碼如下： 輸出的結果如下： 總結一下，內連接就是取交集，外連接取并集，左連接和右連接是按其中某個的行去merge。
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python安裝導入openslide報錯做病理組學研究，需要安裝和導入openslide包，但是這個包比較特殊，安裝起來比較麻煩。記錄如下。 安裝 最開始通過conda安裝，換了幾個c...
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掃描服務器上未占用的端口并用于python
掃描端口 下載好Xshell后，再下載安裝一個nmap插件。下載地址： 安裝完成后，打開shell，不用登錄服務器，直接在本地運行命令 -p 參...
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在服務器上新建python環境并使用jupyterlab
連接服務器 通過xshell連接到服務器。 配置環境并安裝依賴 在xshell中新建一個環境 創建完環境后，需要執行conda init命令來初...
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R語言biomart包獲取小鼠的基因長度
接上回的故事，公司給了新一批的數據，但是批次效應比較重，需要去批次。去批次之后，fpkm出現了負值，但是counts在很多分析里不能直接用，所以...
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R語言讀入表格報錯
師姐發我新的轉錄組數據讓我處理，是一個103M的txt文件，我的小電腦跑得慢，就嘗試直接用R讀進來試一下。 但是出現了如下的報錯： 我一開始沒注...