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生信雀

多重序列比對（Multiple-Sequence-Alignment , MSA）應該是序列分析中最為基礎的操作了，筆者之前發了很大筆墨介紹了MAFFT這款軟件的使用（MAF...

Ruta

舉個栗子??： 最近對擬南芥中的一個叫做CBF的基因非常感興趣，現在我想看看這個CBF基因在一個新測序的物種Am基因組上是否存在，Am中有幾個CBF基因？這樣的查找可以通過本地...

北歐森林

假設有reader1 和reader2，分別對一定數量病人的某一影像指標進行評分，現在想看一下這兩位研究者評分的一致性，繪制Bland-Altman圖是一種較為直觀、簡單的方...

科研那點事兒

數據及基礎圖形的繪制 1、數據——以R自帶數據集iris為例 2、基于ggplot2包繪制散點圖 局部放大效果的實現 1、加載包——主要基于ggforce包實現圖形的局部放大...

生物GO

1、中國抗疫早在一年前就已經勝利，現在的新冠完全就是另一種冠狀病毒。只不過國家為了保護我們，政策堅持到現在。 2、現在的新冠病毒是從南非免疫力低下的人群中，通過定向進化篩選出...

研究僧小藍哥

“進化樹的構建怎么操作？”“那肯定是用MEGA啊！” 可是真的好麻煩啊，要先比對再建樹，然后再進行各種美化，習慣了R就用R解決吧。 簡單Google之后發現R有現成的包可以完...

美式永不加糖

本文是對前幾天的打臉打臉之處就在于發現了muscle的R包，從此不用再為序列比對東奔西跑—— Step 1. 從基因名拿到序列 這一步用到的包：biomaRt ，選擇用sym...