一、ssDNA數據用samtools進行markdup去重的時候，出現報錯信息。 腳本提交的時候在e文件中顯示：[markdup] error: no MC tag. [ma...
發簡信
IP屬地：湖南
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day24ChIP-seq去重
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（五）前面我們已經拿到了差異表達基因以及WGCNA與腫瘤最相關的兩個模塊里的基因，下面我們就從這些基因中找到文章標題中的那3個關鍵基因：AURKA, TOP2A and MELK；...
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（四）接下來是對WGCNA分析的yellow模塊和turquoise模塊里的基因分別做GO和KEGG富集分析； 文章中是用R包clusterprofiler做的： 分別對最相關的...
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（三）找完差異基因后，現在開始這篇文章的WGCNA分析，這個分析最主要的是要得到與表型相關的基因； 先看看文章中怎么做的： 首先對數據進行過濾：過濾后為5435個基因； 構建基因共...
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（二）前面我們處理了表達矩陣以及臨床信息，下面開始做差異分析； 首先，我們看一下文章里是怎么做的： 這里讓我比較疑惑的是取|logFC|>1的話，并不能得到文章中580個DEG的結...
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（一）文章 AURKA, TOP2A and MELK are the key genes identified by WGCNA for the pathogenesis of ...
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最詳細的HiC-Pro使用記錄及結果解讀Hi-C技術通過交聯等實驗步驟獲得空間上相連的DNA片段，即物理位置上較遠的DNA片段之間的互作信息。根據染色體內部的互作概率顯著高于染色體之間的互作概率將不同的contig...
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Phenotypic impact of genomic structural variation: insights from and for human disease
Corresponding author: Jan KorbelGROUP LEADER AND SENIOR SCIENTISTMolecular Medicine Par...
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【Python生信編程筆記】讀取文件
在Python中，讀取文件分為三個步驟: 一、打開文件：open 文件句柄不是文件，而是對文件的說明。 二、讀取文件：有幾個方法來讀取文件。 read(n): 從文件中讀取n...
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【Python生信編程筆記】if、for以及while語句小例子
前面我們學習了數據類型以及if、for和while語句，下面，我們用剛剛學到的知識來編程序: 一、估計蛋白質的凈電荷 在固定的pH值下，可以計算出蛋白質的凈電荷和其各個氨基酸...
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【Python生信編程筆記】while循環
有一條指令使while條件為假是非常重要的，否則，我們就會進入一個無限循環。 退出while循環的一種方法是使用break。 Break用于脫離循環結構，它也可以在for下使...
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【Python生信編程筆記】for循環
for控制結構允許重復執行代碼，同時保留一個具有可迭代對象值的變量。 要知道你正在迭代的可迭代對象的位置，enumerate方法將返回可迭代對象的索引和值。 迭代數字列表的方...
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【Python生信編程筆記】if-else
If對表達式求值，如果表達式為真，則執行If子句后面的代碼塊。否則，執行else下的代碼塊。表達式必須是返回True或False。 簡單判斷 if-else的簡單作用 eli...
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【Python生信編程筆記】集合
集合類似于列表，但有兩個明顯的區別:它的元素是無序的，且每個元素都是唯一的。集合最常見的用途是成員測試、重復刪除和數學運算的應用:交集、并集、差集和對稱差集。 一、創建集合 ...
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【Python生信編程筆記】字典一、映射:通過名稱調用每個值 字典是一種特殊的數據類型，主要特征是它存儲任意索引的無序數據類型。 我們可以將一個字母的氨基酸代碼轉換成三個字母的代碼。每個元素由一對鍵：值組成...
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【Python生信編程筆記】五、元祖
元組是有序對象的集合，具有一旦創建就不能修改的特性，元祖里面的元素用小括號括起來。 定義一個元祖 當元組只有一個元素時，應該在末尾使用逗號: 不允許在元組中添加或刪除元素: ...
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【Python生信編程筆記】四、數據類型（二）列表
列表是Python中最通用的對象類型之一，是對象的有序集合。它由方括號括起來并且里面的元素通過逗號分隔。 創建一個列表 一個列表也可以包含另一個列表 創建空列表 空列表沒有任...
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單細胞數據挖掘實戰：文獻復現（四）中anno_cell.csv文件
前段時間由于做了幾篇文章的數據挖掘工作，然后加上要畢業了事情太多，這期間很多朋友在問前面的單細胞文章復現中的anno_cell.csv文件，現在我把這個文件放到一個網盤中，有...
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WGCNA分析 | 全流程分析代碼 | 代碼一注意：今天的教程比較長，請規劃好你的時間。本文是付費內容，在本文文末有本教程的全部的代碼和示例數據。 輸出結果 分析代碼 關于WGCNA分析，如果你的數據量較大，建議使用服務...