發簡信
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（五）前面我們已經拿到了差異表達基因以及WGCNA與腫瘤最相關的兩個模塊里的基因，下面我們就從這些基因中找到文章標題中的那3個關鍵基因：AURKA, ...
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（四）接下來是對WGCNA分析的yellow模塊和turquoise模塊里的基因分別做GO和KEGG富集分析； 文章中是用R包clusterprofi...
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（三）找完差異基因后，現在開始這篇文章的WGCNA分析，這個分析最主要的是要得到與表型相關的基因； 先看看文章中怎么做的： 首先對數據進行過濾：過濾后...
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（二）前面我們處理了表達矩陣以及臨床信息，下面開始做差異分析； 首先，我們看一下文章里是怎么做的： 這里讓我比較疑惑的是取|logFC|>1的話，并不...
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復現一篇WGCNA文章（含代碼）（一）文章 AURKA, TOP2A and MELK are the key genes identified by WGCNA for the p...
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【Python生信編程筆記】讀取文件
在Python中，讀取文件分為三個步驟: 一、打開文件：open 文件句柄不是文件，而是對文件的說明。 二、讀取文件：有幾個方法來讀取文件。 r...
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【Python生信編程筆記】if、for以及while語句小例子
前面我們學習了數據類型以及if、for和while語句，下面，我們用剛剛學到的知識來編程序: 一、估計蛋白質的凈電荷 在固定的pH值下，可以計算...
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【Python生信編程筆記】while循環
有一條指令使while條件為假是非常重要的，否則，我們就會進入一個無限循環。 退出while循環的一種方法是使用break。 Break用于脫離...
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【Python生信編程筆記】for循環
for控制結構允許重復執行代碼，同時保留一個具有可迭代對象值的變量。 要知道你正在迭代的可迭代對象的位置，enumerate方法將返回可迭代對象...