耐藥基因我們常將耐藥基因制作成一張熱圖，看某一種微生物是否含有此耐藥基因?？倳幸环N想法，我們是否完全通過基因測序就能夠預測該病原的耐藥性呢？（如果能實現的話一定是通過人工智...
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評價病原微生物耐藥基因與藥敏實驗（耐藥表型）之間的相關性--Kappa系數 -
耐藥基因的獲得與熱圖構建最近剛好寫了一篇關于耐藥基因相關分析的常規文章，分享一下最近的經驗，方便大家借鑒參考我使用的是card,conda 安裝abricate工具，寫了個腳本，對60個菌株fast...
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病原微生物基因測序后的物種鑒定每次基因測序下機后似乎工作就已經完成了，但是我這次測的對不對呢？我有沒有把樣本的順序弄錯了（我相信只要不是全自動的儀器，大家肯定都犯過錯，因為有人類的地方，就會有錯誤，但是錯...
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NCBI 介紹以及參考基因組SRA數據下載大全NCBI中常用到的數據功能：1.下載參考基因組 2.下載相關測序數據，構建進化樹 1.下載參考基因組 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dataset...
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NextClade --病毒分析分型利器大家肯定都聽說過新冠病毒分型，像什么包括阿爾法、貝塔、德爾塔、奧密克戎變異株BA.2.12和BA.2.12.1。。。。這些分型是怎么來的？ 基因組序列的差異通過比對不同病毒株...
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生物信息流程構建--Nextflow介紹Nextflow Nextflow 由 Paolo Di Tommaso 于 2013 年開發，他是一位計算生物學家和軟件工程師。當時 Paolo Di Tommaso 在巴...
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window下的全能生信分析利器--Docker Desktop初體驗--window系統下使用SPAdes進行基因組組裝docker相較于conda做生信分析有很多優勢，尤其是在生信流程的搭建，多系統的支持移植性。但Docker學習難度有點高，需要花時間來學習。對于小白來說，初次安裝肯定是很困...
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window下的全能生信分析利器----Docker介紹很多人肯定很苦惱，自己的電腦是window系統，很多生信軟件不支持window系統，這種情況下只能利用虛擬機裝一個完整的Linux系統，虛擬機又很吃系統資源，今天給大家介紹一...
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初識Linux操作系統--生物信息軟件的家。為什么生信軟件大多在Linux下運行1. 什么是Linux操作系統？ Linux是一種開源的操作系統，最初由Linus Torvalds于1991年發布。與其他操作系統（如Windows和macOS）不同，Li...
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病原微生物測序怎么看同源性？溯源的原理是什么？思路 第一步你們的核苷酸有多相似（初步判斷） 拿到病原微生物基因測序的結果,先從宏觀上可以看一下他們的相似性--盲人摸象，給了你一個大腸桿菌的基因組和一個金黃色葡萄球菌的基因...
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霍亂弧菌-基因結構 以及 測序分析相關最近有點忙，更新的較少 今天主要介紹霍亂弧菌基本特點以及基因結構以及NGS測序后續分析方法 先看下霍亂弧菌的生物學分類： 域（Domain）：細菌域（Bacteria） 界（...
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記一次數據分析--基因的聚類分析溯源--進化樹構建接著上一個視屏講，很多人說代碼的輸出結果看不懂，今天詳細聊一下 今天選擇了11個沙門菌進行聚類分析，最終構建進化樹 聚類(Cluster)分析顧名思義就是指將研究的對象進行分...
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chatgpt人工智能在生信分析方面的應用--編寫代碼進行多樣本分析，以及生物流程搭建人工智能在代碼編寫方面已經有很大的編寫能力，我就把自己的一些使用分享給大家（chatgpt使用需要tizi，最后放了chatgpt鏡像） 推薦大家使用kimi(國產的人工智能...
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如何獲取參考基因組和基因注釋？NCBI，genbank,refseq,GCA GCF這些傻傻分不清楚？1.參考基因組,基因注釋之間的關系 參考基因組是指完成了測序和組裝的完整基因組序列,常寫在fasta文件中(后面我們聚類分析需要用到參考基因組) 但這些fasta文件簡直就是...
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基因組組裝結果質控軟件QUASTchatgpt回答為什么要對denovo組裝結果進行質控的回答： 基因denovo組裝完成后進行質控（質量控制）是非常重要的一步，其原因主要包括以下幾個方面： 確保組裝的準確...
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宏基因組數據分析--如何完全去除人源序列--計算微生物豐度下機得到原始fastq文件。經過fastp軟件處理得到質量相對較高的cleandata,之后再使用kraken2進行物種注釋。 1.如何完全去除人源序列 上一篇文章中講到去除...