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評價病原微生物耐藥基因與藥敏實(shí)驗(yàn)（耐藥表型）之間的相關(guān)性--Kappa系數(shù)耐藥基因我們常將耐藥基因制作成一張熱圖，看某一種微生物是否含有此耐藥基因。總會有一種想法，我們是否完全通過基因測序就能夠預(yù)測該病原的耐藥性呢？（...
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耐藥基因的獲得與熱圖構(gòu)建最近剛好寫了一篇關(guān)于耐藥基因相關(guān)分析的常規(guī)文章，分享一下最近的經(jīng)驗(yàn)，方便大家借鑒參考我使用的是card,conda 安裝abricate工具，寫...
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病原微生物基因測序后的物種鑒定每次基因測序下機(jī)后似乎工作就已經(jīng)完成了，但是我這次測的對不對呢？我有沒有把樣本的順序弄錯了（我相信只要不是全自動的儀器，大家肯定都犯過錯，因?yàn)橛?..
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NCBI 介紹以及參考基因組SRA數(shù)據(jù)下載大全NCBI中常用到的數(shù)據(jù)功能：1.下載參考基因組 2.下載相關(guān)測序數(shù)據(jù)，構(gòu)建進(jìn)化樹 1.下載參考基因組 https://www.ncbi.nlm....
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NextClade --病毒分析分型利器大家肯定都聽說過新冠病毒分型，像什么包括阿爾法、貝塔、德爾塔、奧密克戎變異株BA.2.12和BA.2.12.1。。。。這些分型是怎么來的？ 基因...
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生物信息流程構(gòu)建--Nextflow介紹Nextflow Nextflow 由 Paolo Di Tommaso 于 2013 年開發(fā)，他是一位計(jì)算生物學(xué)家和軟件工程師。當(dāng)時 Paol...
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window下的全能生信分析利器--Docker Desktop初體驗(yàn)--window系統(tǒng)下使用SPAdes進(jìn)行基因組組裝docker相較于conda做生信分析有很多優(yōu)勢，尤其是在生信流程的搭建，多系統(tǒng)的支持移植性。但Docker學(xué)習(xí)難度有點(diǎn)高，需要花時間來學(xué)習(xí)。對...
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window下的全能生信分析利器----Docker介紹很多人肯定很苦惱，自己的電腦是window系統(tǒng)，很多生信軟件不支持window系統(tǒng)，這種情況下只能利用虛擬機(jī)裝一個完整的Linux系統(tǒng)，虛擬機(jī)又...
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初識Linux操作系統(tǒng)--生物信息軟件的家。為什么生信軟件大多在Linux下運(yùn)行1. 什么是Linux操作系統(tǒng)？ Linux是一種開源的操作系統(tǒng)，最初由Linus Torvalds于1991年發(fā)布。與其他操作系統(tǒng)（如Wind...