列舉了19個OrgDB，物種對應的全基因組注釋R包，方便根據EntreZ進行基因的注釋分析等等 | 物種 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
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常見的OrgDB包，方便對應物種注釋
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Ensembl數據庫
簡介 Ensembl ：http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html，常用的參考基因組和GTF文件下載網站。 Ensembl...
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非度量多維尺度（NMDS）分析及R繪圖先上圖 注：填充顏色由AI處理。 （樣本和分組文件如下）（這里只是展示數據形式并不是原數據（分組名與代碼中不一樣）） vegan分析數據 行名樣本，列名物種，內容豐度。 繪圖...
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單細胞測序和單細胞核測序的區別生物體正常的生理功能依賴于復雜的細胞及分子通過復雜的網絡相互作用推進和完成，生物體的復雜程度在細胞類型、細胞比例、細胞的空間位置、細胞的基因表達、細胞間的通訊互作、染色質的狀...
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@阿樂_01e9 FPKM; 建議先標準化后差異分析
一文做會漂亮的火山圖
一、通過limma包對輸入數據進行處理 1、歸一化處理 在利用limma包進行差異分析處理之前，要對數據進行歸一化處理： 在使用limma包之前首先要對數據進行標準化處理 如...
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networkx + Cytoscape 構建及可視化網絡圖本次筆記內容：網絡圖的簡要結構以相關系數表為例：networkx構建網絡結構Cytoscape可視化網絡圖co-XXX network 網絡圖的簡要結構 網絡結構由點及連接點...
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scRNA-seq擬時分析 || Monocle2 踩坑教程擬時（pseudotime）分析，又稱細胞軌跡（cell trajectory）分析，通過擬時分析可以推斷出發育過程細胞的分化軌跡或細胞亞型的演化過程，在發育相關研究中使用頻...
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001-Seurat介紹和數據質控4.0 安裝包 加載所需要的包 清除環境， 讀取10x的數據 BC10 文件夾內容 scRNA.counts是一個S4對象。S4對象就像一顆大樹一樣，有主枝干，有分枝。 創建...
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smart-seq2 實踐單細胞轉錄組：smart-seq2 參考資料： Smart-seq2 scRNA小鼠發育學習筆記: http://www.lxweimin.com/p/23a8fcb1292...
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HZAU植科院農學本科畢業生<br>HZAU信息學院生信專業碩士畢業生<br>目前就職于國內某知名藥企數據分析崗位<br>主要擅長SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對爬蟲、網站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡書不定時查看，有需要歡迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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seurat-FindAllMarkers()源碼解析現在回想單細胞項目的一些常規分析，clusters/groups間的差異表達分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項，Find...
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Seurat取子集時會用到的函數和方法在單細胞數據分析中，在確定細胞類型后，除了可以進行差異表達基因分析外，還可以針對單個細胞類型進行分析特定分析，這時就需要我們提取細胞子集分開處理了。 一、Seurat數據格式...
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Cellranger的下載、安裝
1. Cellranger的下載 此處以10X官網上最新的Cellranger版本為例下載，網址如下： 下載至某一文件夾，本例中以下載至software文件夾為例。 之后，進...
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