列舉了19個(gè)OrgDB，物種對(duì)應(yīng)的全基因組注釋R包，方便根據(jù)EntreZ進(jìn)行基因的注釋分析等等 | 物種 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
IP屬地：內(nèi)蒙古自治區(qū)
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常見(jiàn)的OrgDB包，方便對(duì)應(yīng)物種注釋
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Ensembl數(shù)據(jù)庫(kù)
簡(jiǎn)介 Ensembl ：http://www.ensembl.org/info/data/ftp/index.html，常用的參考基因組和GTF文件下載網(wǎng)站。 Ensembl...
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非度量多維尺度（NMDS）分析及R繪圖先上圖 注：填充顏色由AI處理。 （樣本和分組文件如下）（這里只是展示數(shù)據(jù)形式并不是原數(shù)據(jù)（分組名與代碼中不一樣）） vegan分析數(shù)據(jù) 行名樣本，列名物種，內(nèi)容豐度。 繪圖...
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單細(xì)胞測(cè)序和單細(xì)胞核測(cè)序的區(qū)別生物體正常的生理功能依賴于復(fù)雜的細(xì)胞及分子通過(guò)復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)相互作用推進(jìn)和完成，生物體的復(fù)雜程度在細(xì)胞類型、細(xì)胞比例、細(xì)胞的空間位置、細(xì)胞的基因表達(dá)、細(xì)胞間的通訊互作、染色質(zhì)的狀...
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networkx + Cytoscape 構(gòu)建及可視化網(wǎng)絡(luò)圖本次筆記內(nèi)容：網(wǎng)絡(luò)圖的簡(jiǎn)要結(jié)構(gòu)以相關(guān)系數(shù)表為例：networkx構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)Cytoscape可視化網(wǎng)絡(luò)圖co-XXX network 網(wǎng)絡(luò)圖的簡(jiǎn)要結(jié)構(gòu) 網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)由點(diǎn)及連接點(diǎn)...
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scRNA-seq擬時(shí)分析 || Monocle2 踩坑教程擬時(shí)（pseudotime）分析，又稱細(xì)胞軌跡（cell trajectory）分析，通過(guò)擬時(shí)分析可以推斷出發(fā)育過(guò)程細(xì)胞的分化軌跡或細(xì)胞亞型的演化過(guò)程，在發(fā)育相關(guān)研究中使用頻...
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001-Seurat介紹和數(shù)據(jù)質(zhì)控4.0 安裝包 加載所需要的包 清除環(huán)境， 讀取10x的數(shù)據(jù) BC10 文件夾內(nèi)容 scRNA.counts是一個(gè)S4對(duì)象。S4對(duì)象就像一顆大樹(shù)一樣，有主枝干，有分枝。 創(chuàng)建...
