pycharm 使用wsl conda 環境 要在PyCharm中使用WSL的conda環境，你需要按照以下步驟操作： 確保你的WSL已經安裝并設置好了conda。 打開Py...
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pycharm 使用wsl conda 環境
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修改fastp的16線程限制
下載源碼：https://github.com/OpenGene/fastp[https://github.com/OpenGene/fastp] 修改options.cpp...
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如何用IGV看比對結果默認情況下，IGV單獨顯示 paired-end reads 的每一個reads，因為它們可以更緊湊地排列。按住Ctrl鍵單擊其中一個reads（在MacOS上按住Cmd鍵單...
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生信基礎 unique比對的獲取
1.Sam文件各標簽含義（tophat/hisat2) NH:i:<n style="box-sizing: border-box;">: N=1時 為unique。常用于t...
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pyWGCNA數據準備
這是進行任何網絡分析的第一步。我們在這里展示如何加載典型的表達數據，將其預處理成適用于網絡分析的格式，并通過刪除明顯的異常樣本和基因來清理數據。 Data Input[htt...
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利用三代轉錄本升級基因組注釋（gff3）因為課題需要，我們在前期組裝了一個基因組并進行了注釋，但是存在兩個問題，一個是沒有考慮可變剪切，另一個是注釋的基因并不準確，三代轉錄組的廣泛普及對于基因研究提供了很大的便利，...
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Seaborn調色板的使用與所有顏色組合
因為花生有20條染色體，“tab20”可能比較合適，也可以其他配色自己調整 可以截取一部分進行使用，比如截取前四個： 如下圖所示： 也可以基于此進行重復使用 采用前六個并且重...
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實用生信小技巧：利用pysam高效處理bam文件
由于bam文件是二進制的壓縮文件，正常情況下我們無法用普通編輯器打開查看，一般情況下我們借助samtools軟件來對文件進行處理。但很多小伙伴一定遇到過這樣的問題：如果我想對...
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linux子系統的安裝，遷移，漢化,安裝圖形界面與換apt源目錄 一,linux子系統安裝（Ubuntu20.04） 1，配置安裝環境 2，下載Linux的Ubuntu系統 二，Linux遷移到D盤 1，通過github下載遷移程序L...
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MapChart2.32的安裝和使用目錄 前記1、下載和安裝2、使用介紹2.1、繪制簡單的遺傳圖譜2.2、繪制帶格式的遺傳圖譜2.2.1、對連鎖群名稱的注釋2.2.2、對分子標記的注釋2.2.3、設置背景板樣式...
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samtools過濾多重比對reads
samtools過濾多重比對reads samtools[https://www.omicsclass.com/topic/283] samtools過濾多重比對reads ...
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samtools markdup 的正確使用方式文檔
NAME samtools markdup – mark duplicate alignments in a coordinate sorted file SYNOPSIS ...
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VCF格式轉換(plink, hapmap)
格式轉換 hapmap格式：hmp.txt plink格式：ped和map以及二進制文件bed/bim/fam vcf格式：vcf 1.1. hapmap <-> vcf #...
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學習筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學<br>
