目錄
前記
1、下載和安裝
2、使用介紹
2.1、繪制簡單的遺傳圖譜
2.2、繪制帶格式的遺傳圖譜
2.2.1、對連鎖群名稱的注釋
2.2.2、對分子標記的注釋
2.2.3、設置背景板樣式
2.3、繪制標識多個連鎖群共線性的遺傳圖譜
2.3.1、連鎖群名稱的設置
2.3.2、分子標記/位點的設置
2.3.3、連鎖群區域突出顯示
2.4、繪制QTL在連鎖群（染色體）上的位置
2.5、繪制多個連鎖群的遺傳圖譜
2.6繪制帶有LOD值曲線的遺傳圖譜
前記
MapChart是一款用來可視化遺傳圖譜和QTL的軟件，在QTL定位研究中被經常使用，有助于科研人員直觀地了解遺傳圖譜和QTL的相關信息。下面對該軟件的安裝和使用做簡單介紹，并以其中的示例文件介紹其使用的相關細節。
MapChart官網：
Mapchart - WUR
https://www.wur.nl/en/show/mapchart.htm
參考文獻：Voorrips, R.E., 2002. MapChart: Software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs. The Journal of Heredity 93 (1): 77-78.
1、下載和安裝
進入官網后，下載右側的MapChart2.32安裝包和MapChart license file。
注意下方的提示，下載后的兩個文件需要放到同一個文件夾下。
2、使用介紹
2.1、繪制簡單的遺傳圖譜
按上述格式整理分子標記名稱和遺傳位置信息，每個連鎖群需要有對應的名稱，輸出結果如下。
2.2、繪制帶格式的遺傳圖譜
一些遺傳圖譜中中的信息需要進行顏色字體等注釋，以突出目的分子標記或染色體區段。
2.2.1、對連鎖群名稱的注釋
普通樣式：group/GRUOP+<連鎖群名稱>
可設置樣式：
1、添加字符A，隱藏連鎖群的名稱；
2、添加字符B，加粗字體；
3、添加字符C+數字，設置字體顏色；（例如C4）
4、添加字符E=數字，設置連鎖群的終止位置；（例如E=120）
5、添加字符F+數字，設置連鎖群的填充顏色；（例如F7）
6、添加字符V=數字，設置連鎖群垂直下移長度，單位mm；（例如V=60）；
7、添加字符U，設置字體下劃線。
2.2.2、對分子標記的注釋
常用注釋樣式：
1、添加字符B，加粗字體；
2、添加字符C+數字，設置字體顏色；（例如C4）
3、添加字符I，設置斜體；
4、添加字符S+數字，設置字體大小；（例如S14）
5、添加字符U，設置字體下劃線。
2.2.3、設置背景板樣式
默認樣式：白色透明背景。
設置路徑：菜單欄-Tools-Chart Options
示例如下：
以上例子設置后的輸出結果如下：
2.3、繪制標識多個連鎖群共線性的遺傳圖譜
當幾個連鎖群上存在一些具有共線性或同源性關系的分子標記或位點時，常常需要進行連線表示，以直觀地顯示這些位點之間的同源性關系。在MapChart中，位于不同連鎖群上的具有同源性的位點會顯示出同樣的顏色，并以線條進行連接。
2.3.1、連鎖群名稱的設置
1、添加字符R，可將連鎖群進行倒置；
2、添加字符m，可將連鎖群進行鏡像翻轉；
3、添加字符v=數字，將連鎖群向上（負數）或向下（正數）平移；
2.3.2、分子標記/位點的設置
將需要進行共線性標識的分子標記進行命名，例如h1、h2、h3等，不同連鎖群上具有共線性的分子標記設置為同樣的名稱，MapChart會根據名稱進行線性連接。
2.3.3、連鎖群區域突出顯示
連鎖群信息末尾添加內容：
segments
start_position end_position C+數字
設置之后的輸出結果如下：
2.4、繪制QTL在連鎖群（染色體）上的位置
此部分需要輸入兩部分內容：
1、連鎖群信息（遺傳圖譜）
2、QTL的信息（遺傳位置）
具體設置如下：
在連鎖群信息的下方隔一行輸入QTL的位置信息，格式為：
QTLs
start_outer start_inner end_inner end_outer，分別代表QTL起始的置信區間和終止的置信區間。
可對QTL進行注釋，例如B（斜體）、C（顏色）、F（填充）、L（線條樣式）。
設置后輸出結果如下所示：
注：繪制多個連鎖群時，在連鎖群后添加字符P，可以使該連鎖群處于下一頁顯示。
2.5、繪制多個連鎖群的遺傳圖譜
如示例文件5所示。
輸出結果如下：
2.6繪制帶有LOD值曲線的遺傳圖譜
QTL定位研究中，常常需要將定位所得的位點的效應和所在的染色體連鎖群結合起來，這樣可以直觀地顯示QTL的位置和效應大小。
主要的步驟如下：
1、輸入連鎖群的分子標記信息，標記名稱和遺傳位置；
2、QTL信息輸入，名稱等附加信息；
3、圖片尺寸的設置，S（刻度間隔）和H（Y軸最大值）；
4、曲線的設置，閾值，L（線條樣式）；
5、設置圖片信息（遺傳位置、所在連鎖群、LOD值和位點名稱），見下圖。
示例文件如下所示：
設置后的輸出結果如下：
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