1. matrix.mtx ??做過10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的人都知道cellranger的標(biāo)準(zhǔn)輸出是三個(gè)文件（barcodes.tsv genes.tsv m...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組||matrix.mtx說明（cellranger與kallistobustools的不同之處）
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ReactomeDB 和KEGG兩個(gè)數(shù)據(jù)庫的 PI3K-AKT signaling pathway gene set 區(qū)別1. 首先查看KEGG數(shù)據(jù)庫 PI3K-AKT signaling pathway gene set 詳細(xì)說明查看如何拿到 KEGG數(shù)據(jù)庫的 hsa04650 Natural...
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幾款計(jì)算測(cè)序深度和覆蓋度的軟件或模塊1. BAMStats BAMStats是一款從BAM文件中計(jì)算覆蓋度和其他數(shù)據(jù)，并生成這些數(shù)據(jù)的描述性統(tǒng)計(jì)的工具 1.1 安裝 1.2 使用 java -jar BAMSt...
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GISTIC2.0安裝與使用（2019）在一年前剛開始認(rèn)識(shí)GISTIC這個(gè)軟件的時(shí)候，我寫過一篇文檔記錄安裝過程。 Google搜索的第1個(gè)中文信息就是（2018年，現(xiàn)在不是，文章現(xiàn)在已經(jīng)有過千次的引用啦~）。 實(shí)...
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重新認(rèn)識(shí)TBtools，減少你的生信分析煩惱（20190422）寫在寫在前面的前面 或許，沒有人知道TBtools到底是什么？能干啥。但是看完這個(gè)推文，或許你就知道了其中的一部分。 寫在前面 TBtools對(duì)外開放兩年多，不時(shí)會(huì)有熟悉的不...
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RNA-seq(6): reads計(jì)數(shù)，合并矩陣并進(jìn)行注釋任務(wù) 1.實(shí)現(xiàn)這個(gè)功能的軟件也很多，還是煩請(qǐng)大家先自己搜索幾個(gè)教程，入門請(qǐng)統(tǒng)一用htseq-count，對(duì)每個(gè)樣本都會(huì)輸出一個(gè)表達(dá)量文件。2.需要用腳本合并所有的樣本為表達(dá)矩...
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RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[https://www.jians...
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RNA-seq(8): 探索分析結(jié)果:Data visulization寫在前面： 這部分主要做一些數(shù)據(jù)可視化，富集分析暫時(shí)放下一部分，如果想跳過這里，請(qǐng)直接移步RNA-seq(9):富集分析[http://www.lxweimin.com/p/...
