Understanding The Chromap Summary File[https://notarocketscientist.xyz/posts/2024-07-23...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：上海
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Chromap output 理解 -
量化免疫浸潤(rùn)時(shí)CIBERSORT的注意事項(xiàng)CIBERSORT的注意事項(xiàng) CIBERSORT的使用，我們舉了幾個(gè)例子，但是還有一些疑問，只要有疑問在，就感覺心里不踏實(shí)。比如：1.CIBERSORT需要什么樣的數(shù)據(jù)？是芯...
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生信地基系列--Sam/bam文件格式對(duì)于sam文件格式，已經(jīng)有很多人寫過相應(yīng)的中文介紹文章，但是基本上都是簡(jiǎn)單粗暴的講了一下每個(gè)字符代表什么，但是如果真去研究的話有時(shí)候還是感覺有點(diǎn)這些寫的還是讓人懵逼，比如不知...
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monocle2 安裝 記錄
【倒霉bug】24/02/26_不存在叫‘qlcmatrix’這個(gè)名字的程輯包-CSDN博客[https://blog.csdn.net/weixin_51120349/ar...
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GDAS002-Bioconductor備忘錄
title: GDAS002-Bioconductor備忘錄date: 2019-09-02 12:0:00type: "tags"tags: Bioconductorcat...
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scTCR-seq分析: MIXCR + scRepertoire
https://www.borch.dev/uploads/screpertoire/[https://www.borch.dev/uploads/screpertoire/]
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TCR-seq 分析 {MiXCR}MiXCR GitHub - milaboratory/mixcr: MiXCR is an ultimate software platform for analysis ...
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Metaneighbor - 探究不同研究中的細(xì)胞亞類的相關(guān)性MetaNeighbor/Documentation.md at master · gillislab/MetaNeighbor · GitHub[https://githu...
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非負(fù)矩陣分解（NMF）應(yīng)用于scRNAseq的細(xì)胞分群NMF算法簡(jiǎn)介 非負(fù)矩陣分解(Non-negative Matrix Factorization, NMF)的思想可以描述為，對(duì)于任意給定的一個(gè)非負(fù)矩陣V，NMF算法能夠找到...
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單細(xì)胞量化代謝活性-scMetabolism一、scMetabolism的安裝 scMetabolism是一個(gè)R包，用于在單細(xì)胞分辨率下量化代謝活性，目前只適用于物種是人的單細(xì)胞數(shù)據(jù)。作者推薦使用seurat的數(shù)據(jù)進(jìn)行...
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第7篇：用Y叔的ChIPseeker對(duì)peaks進(jìn)行注釋和可視化上一步驟（第6篇：重復(fù)樣本的處理——IDR）用IDR對(duì)重復(fù)樣本peaks的一致性進(jìn)行了評(píng)估，同時(shí)得到了merge后的一致性的peaks——sample-idr，接下來就是對(duì)p...
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免疫學(xué)筆記-1 | T細(xì)胞分化發(fā)育及其Marker1 關(guān)鍵細(xì)胞類型或Marker縮寫： 骨髓多能造血干細(xì)胞 HSC 淋巴樣祖細(xì)胞 lymphoid progenitor cell T細(xì)胞抗原識(shí)別受體 TCR 抗原提呈細(xì)胞 A...
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Ubuntu Server安裝R和Rstudio
R是一個(gè)在科研領(lǐng)域很常用的工具，經(jīng)常用R的年輕人或者經(jīng)常上統(tǒng)計(jì)之都的肯定知道Rstudio的存在。然而對(duì)于R和Rstudio來講，還是有很多問題存在的，今天我就結(jié)合我上一次在...
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Ubuntu docker 安裝https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/[https://docs.docker.com/engine/install/u...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組雙細(xì)胞判別軟件scDblFinder起因：最近有個(gè)問題樣本，跑完cellranger，樣本的cellranger結(jié)果如下，細(xì)胞數(shù)目極高(3W+)。在后續(xù)數(shù)據(jù)質(zhì)控分析中，線粒體基因占比和雙細(xì)胞率均很高，用scDb...
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構(gòu)建混合物種參考基因組遇到問題，鼠和人的參考基因組，染色體序列名稱一樣，需要進(jìn)行區(qū)分，不然和gtf對(duì)應(yīng)時(shí)有問題 給（fastq,gtf）染色體名前面加上物種名區(qū)分