發(fā)簡信
IP屬地：西藏
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披著ggplot皮的pheatmap,深夜激動更新我的包0.寫在前面 從我學(xué)生信開始，畫熱圖用的就是pheatmap，有時復(fù)雜化的需求會用到ComplexHeatmap。作為R語言畫圖的絕對霸主，ggplot2的熱圖卻無法在熱圖的...
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Seurat3.0對象及其操作列表seurat V3.0 命令列表https://satijalab.org/seurat/essential_commands.html[https://satijalab....
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SingleR || 單細胞細胞類型定義工具注：本教程的SingleR是老版本的(1.0.0)，由于SingleR在Revised: December 18th, 2019已經(jīng)升級到SingleR 1.0.5，新版本的...
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如何用轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)定量腫瘤浸潤免疫細胞有哪些方法可以用于評判腫瘤免疫浸潤 方法很多，這里先選個簡單一點MCPcounter，GEO和TCGA數(shù)據(jù)都可以分析，更重要的是因為包治百病=. = MCPcounter 加...
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喜歡寫代碼的外科醫(yī)生。
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R語言中無法循環(huán)生成向量名的解決方法
R語言中有時需要在循環(huán)中生成一個向量，之后再把每一個循環(huán)的結(jié)果組成一個數(shù)據(jù)框。這個過程中可能遇到一個問題：向量生成方法只有x<-c(),沒有name=xxx之類的參數(shù)，無法用...
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Official release of Seurat 3.0的學(xué)習(xí)過程2018年8月份的時候，我也使用過seurat來分析單細胞測序數(shù)據(jù)，然后最近也需要使用seurat包來分析實驗室的單細胞測序數(shù)據(jù)，在R中安裝完seurat的包后，我到網(wǎng)站上下...
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這個是Seurat包DoHeatmap()的默認(rèn)參數(shù)，如果用Seurat畫圖的話不需要單獨設(shè)定。要是用其他包做的話得看其他畫圖命令的幫助文檔。
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學(xué)習(xí)Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現(xiàn)運行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時總是報錯 主...
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圖解疫情！獲取nCov2019包中的疫情信息最近Y叔的R包nCov2019手機了2019冠狀病毒的最近數(shù)據(jù)，昨天把相關(guān)推文轉(zhuǎn)到了群里，小伙伴們積極參與，但是也有同學(xué)遇到了問題，在此總結(jié)一下 主要代碼： 簡單的條形圖展示...
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課程會在2019年9月底之前錄制完畢并上線： 課程說明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代碼在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 觀看鏈接 手機微信觀看（推薦）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 電腦瀏覽器的鏈接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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哈哈，受教了，等我有空再試試
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學(xué)習(xí)Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現(xiàn)運行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時總是報錯 主...
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我?guī)腿薲ebug時也發(fā)現(xiàn)，畫圖時報錯的，一般不是畫圖代碼的問題，通常是畫圖的數(shù)據(jù)沒有生成
這年頭沒有火眼金睛，不敢教R語言了
問題背景 https://mp.weixin.qq.com/s/DFIwVwrgN4s-FK4WjWuO3Q 在這一篇推文里，我寫了怎么正確顯示坐標(biāo)軸順序。 不調(diào)整的話橫坐標(biāo)...
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說的是meta.data嗎？那個存的是樣本lable、以及你輸入的患者信息、計算的cluster信息等資料
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯
Seurat::DoHeatmap 的謎之報錯 最近在學(xué)習(xí)Seurat教程（Seurat版本3.0.2），發(fā)現(xiàn)運行到倒數(shù)第二步做熱圖展示marker genes時總是報錯 主...
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龍星計劃第二天-關(guān)于alignment工具劉小澤寫于19.7.30來北大的龍星計劃做助教，接觸了一些之前沒有了解過的一些知識，簡單做下記錄，我個人其實是沒有這方面需求的因為課程都是配置在華為云上的，所以使用的數(shù)據(jù)也都...
