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發(fā)簡信
IP屬地：江蘇
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您好，請問這個關(guān)聯(lián)分析的閾值應該如何確定呢？
潛在因素混合模型：LFMM—— R包lfmm
在自然群體（區(qū)別于強人工選擇）中，如果我們感興趣的數(shù)量性狀表現(xiàn)出與特定的地理環(huán)境變量有高度的關(guān)聯(lián)性，隨著環(huán)境變量的改變而變化，則這些環(huán)境變量往往反映了環(huán)境作用于個體表型的選擇...
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9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對進化模式以及連鎖不平衡進行評估，功能非常強大，要說缺點，可能就是真的有點慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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你好我想請教一下這個marker-rsq是表示這個位點的貢獻率嗎，等同于其他軟件，比如說GCTA中的beta值嗎？有tassel GWAS的其中一個結(jié)果文件*mlm3里面有每個位點不同allele的effect size，這個又衡量的是什么呢？期待感謝您的回復。
9.2 GWAS：關(guān)聯(lián)分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
TASSEL是最早出現(xiàn)的用于動植物關(guān)聯(lián)分析的軟件，還可以對進化模式以及連鎖不平衡進行評估，功能非常強大，要說缺點，可能就是真的有點慢。 表型數(shù)據(jù)處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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無偏估計今天學習到一個名詞，無偏估計。如何理解“不論總體服從什么分布，樣本均值是總體均值的無偏估計量”這句話，什么是無偏估計呢？ 均值的無偏估計 比如我們想知道一個群體的平均身高，但...
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ASMC計算位點溯祖時間ASMC(ascertained sequentiallyMarkovian coalescent)是2018年Alkes L. Price實驗室開發(fā)的算法，相關(guān)文章發(fā)表在2...
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@點點_16b5 包含兩列，一列是chr(列名)，一列是end(列名）
pi, Fst, dxy, fd的計算
有許多不同的統(tǒng)計量可以衡量差異選擇的區(qū)域或基因滲入障礙的區(qū)域。這里介紹常用的四個統(tǒng)計量的計算： pi, 衡量遺傳多樣性 Fst, 衡量群體分化程度 dxy, 對核苷酸多樣性絕...
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文獻閱讀：Negative selection in humans and fruit flies involves synergistic epistasis這是2017年哈佛大學生物醫(yī)學信息學教授Shamil R. Sunyaev發(fā)表在Science上的一篇文章。 背景 負選擇是自然選擇很重要的一種，通過剔除有害突變，保證物種不...
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這個文件可以自己構(gòu)建，就是一個包含染色體長度信息的文件
pi, Fst, dxy, fd的計算
有許多不同的統(tǒng)計量可以衡量差異選擇的區(qū)域或基因滲入障礙的區(qū)域。這里介紹常用的四個統(tǒng)計量的計算： pi, 衡量遺傳多樣性 Fst, 衡量群體分化程度 dxy, 對核苷酸多樣性絕...
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學習tidyverse - 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換(2)
可視化是一個重要工具，但是我們需要把數(shù)據(jù)整理成正確的形式來進行可視化。 通常，需要創(chuàng)建一些新的變量或摘要，或者重命名變量或?qū)τ^察值進行重新排序，以使數(shù)據(jù)可視化起來更容易一些。...
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學習tidyverse - 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換(1)可視化是一個重要工具，但是我們需要把數(shù)據(jù)整理成正確的形式來進行可視化。通常，需要創(chuàng)建一些新的變量或摘要，或者重命名變量或?qū)τ^察值進行重新排序，以使數(shù)據(jù)可視化起來更容易一些。接...
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學習tidyverse - 數(shù)據(jù)可視化(2)學習tidyverse - 數(shù)據(jù)可視化(1)[http://www.lxweimin.com/p/506900640a2d] Prerequisites[https://r4...
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@wow咪來哆 可以，基因型是一個分類變量，把indel設置成一種新的變量就可以了，比如說3
基于Vcf文件進行基因單倍型分析
單倍型，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱，在遺傳學上是指...
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sorry, 有的內(nèi)容我沒試過，Command + Option + 拖拽文件 可以，我更新一下
Mendeley文件管理
Personal Web Space 每個人注冊了Mendeley賬號之后都可以獲得免費的2G云盤（Personal Web Space），需要額外的空間則需要升級賬號。點擊...
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研究方向：基因組學、轉(zhuǎn)錄組學、遺傳學<br>邊做邊分享，超不定期更新
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@Lisa_940c 你可以檢查一下你的輸入變量是不是對應，檢查行列數(shù)，數(shù)據(jù)類型等
基于Vcf文件進行基因單倍型分析
單倍型，是單倍體[https://baike.baidu.com/item/%E5%8D%95%E5%80%8D%E4%BD%93/304058]基因型的簡稱，在遺傳學上是指...
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bayenv2.0 檢測環(huán)境相關(guān)變異位點bayenv是一種貝葉斯方法，通過檢測等位基因頻率和生態(tài)變量之間的相關(guān)性或地理區(qū)域之間的極端等位基因頻率差異來識別適應當?shù)丨h(huán)境的位點。該方法可以從一組基因組變異中估計種群之間...
