TASSEL是最早出現的用于動植物關聯分析的軟件，還可以對進化模式以及連鎖不平衡進行評估，功能非常強大，要說缺點，可能就是真的有點慢。 表型數據處理在下面這篇帖子中有介紹，這...
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9.2 GWAS：關聯分析——TASSEL（GLM/MLM/CMLM)
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無偏估計今天學習到一個名詞，無偏估計。如何理解“不論總體服從什么分布，樣本均值是總體均值的無偏估計量”這句話，什么是無偏估計呢？ 均值的無偏估計 比如我們想知道一個群體的平均身高，但...
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ASMC計算位點溯祖時間ASMC(ascertained sequentiallyMarkovian coalescent)是2018年Alkes L. Price實驗室開發的算法，相關文章發表在2...
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文獻閱讀：Negative selection in humans and fruit flies involves synergistic epistasis這是2017年哈佛大學生物醫學信息學教授Shamil R. Sunyaev發表在Science上的一篇文章。 背景 負選擇是自然選擇很重要的一種，通過剔除有害突變，保證物種不...
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學習tidyverse - 數據可視化(1)我學習的主要是這本書R for Data Science[https://r4ds.had.co.nz/index.html]. 上圖是我們處理數據的流程 導入：首先，必須將...
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Fastsimcoal2 模擬群體案例假設我們想模擬經歷了以下群體演化歷史的群體樣本： 我們在3popDNASFS.par文件中來描述這個群體演化歷史的過程，這個演化過程是時間回溯的，從下往上依次來描述這個過程：...
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D 統計量檢測遺傳滲入ABBA-BABA test ABBA-BABA 統計（也稱為 D 統計）為嚴格二叉進化歷史的偏差提供了一種簡單而強大的測試。 因此，它們經常用于使用基因組規模的 SNP 數...
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不完全譜系分選關鍵詞：祖先多態。 假設有兩個連續分支事件發生，一開始產生了物種 A，然后是物種 B 和物種 C。 現在，假設ABC的祖先攜帶了我們所研究基因的2個不同的單倍型，可能湊巧在物...
