關鍵詞：祖先多態。
假設有兩個連續分支事件發生，一開始產生了物種 A，然后是物種 B 和物種 C。
現在，假設ABC的祖先攜帶了我們所研究基因的2個不同的單倍型，可能湊巧在物種A中固定了單倍型1（另一個單倍型在遺傳漂變中丟失），而單倍型2在BC的共同祖先中固定，然后進一步分化為了單倍型2a和2b。
這個時候建樹，該基因的基因樹恰好反映了這3個物種之間的物種樹，這個時候就不存在不完全譜系分選。
但是，如果BC的共同祖先仍然存在多態性，即既有單倍型1又有單倍型2，那么這2個單倍型可能在3個物種內隨機固定，即親緣關系最近的物種所繼承的并不一定是進化關系最近的單倍型。
這就叫不完全譜系分選，會造成物種樹和基因樹之間沖突。
尤其適應性輻射中，不完全譜系分選極容易發生，古老的適應輻射會造成無法解析它們之間的系統發生關系。
