使用工具 fastp(質控), hisat2(比對), samtools(sam文件轉bam文件), featureCounts(count計數), DESeq2(差異分析)...
IP屬地：江蘇
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RNAseq轉錄組分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2
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國家基因組科學數據中心（NGDC）---組學原始數據如何上傳GSA前言 在發表文章之前我們需要將測序的原始數據上傳到一個公共庫，并在文中提供accession number，實現數據的公開共享，這是國際慣例。以前我們上傳數據時只能上傳到美國...
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討厭又迷人的reads去重復在NGS分析入門階段，我們不需要考慮太多的細節，只用知道一個分析的大致流程并完整跑下來即可。太多的細節，只會讓我們對于分析產生莫須有的恐懼，因此一些“無關緊要“細節就被我們刻...
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整合QC質控結果的利器——MultiQC一、MultiQC介紹 NGS技術的進步催生了新的實驗設計、分析類型和極高通量測序數據的生成。對于這些數據的質量評估，每一步分析結果的評估是后續結果可信度的衡量和保障。不少生...
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MCScanX安裝與使用 (2022)為什么要寫這篇文章：最近因為需要用到MCScanX畫兩個物種的共線性點圖，但是發現搜到的blog中所提供的安裝方法都不太相同，且在都會出現或多或少的問題，另外搜到的所有blo...
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「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介紹 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必選;另外還可以添加額外的9列可選，這些列的順序是固定的(之前一直以為時第...
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orthofinder分析泛基因組及可視化數據準備GeneCount文件包含了所有同源基因組數目不為1的所有基因組，在各個樣本中的數目；UnassignedGenes文件則包含了僅包含一個基因的同源基因組的樣本來源信...
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利用TransDecoder提取轉錄本CDS、UTR序列
前言：在對miRNA進行靶標預測分析時，需要特定物種的轉錄本作為靶向的數據庫。通常對miRNA預測以3'UTR區域為主，這就需要對轉錄本數據庫進行UTR區域的提取。我在之前寫...
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Pannzer2 | 推薦一款強大的Gene Ontology注釋網站很多時候，我們一直想做到出色，做到出彩，但是比我們優秀的人，卻在相同的方向上，做了十年，出彩了十年，而且他們沒有停下腳步~~ 寫在前面 Emmm，GO注釋常常是一個有點爭議的...
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使用AnnotationForge包自定義Orgdb包參考1：http://www.lxweimin.com/p/68f7b663c5ff[http://www.lxweimin.com/p/68f7b663c5ff]參考2：h...
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組間差異檢驗，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗，應用統計學上的假設檢驗方法，檢驗組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗都基于一個假設：組間沒有差異，變量之...
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全基因組復制 WGD |（一）簡介
01 什么是全基因組復制 多倍化（polyploidy）或全基因加倍/復制（whole genome duplication, WGD）事件是指基因組內的所有序列都發生重復，...
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基因組基因復制的分類鑒定：DupGen-finder
參考：http://www.lxweimin.com/p/0a14d971bd0a[http://www.lxweimin.com/p/0a14d971bd0a] requi...
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線粒體序列信息提交NCBI2021-07-31NCBI主頁進入提交界面 附上提交界面網址：https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/[https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/...
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使用newick_utils 編輯樹文件
Newick格式是進化樹最為普遍的儲存格式，為方便研究人員更好地對newick格式的文件進行操作，2010年，來自瑞士生物信息學研究所（Swiss Institute of ...
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跟著Briefings in Bioinformatics學數據分析：植物線粒體基因組組裝流程GSAT初步嘗試論文 Master graph: an essential integrated assembly model for the plant mitogenome based ...
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Word里插入圖片，轉化為PDF，怎樣保證高分辨率在word里插入圖片后，圖片會被壓縮，放大后不清晰，那么怎么保證不被壓縮呢？ 打開Word， 點擊文件-選項，然后彈出Word選項對話框，選擇高級，在圖像大小和質量中的默認分...