使用工具 fastp(質(zhì)控), hisat2(比對(duì)), samtools(sam文件轉(zhuǎn)bam文件), featureCounts(count計(jì)數(shù)), DESeq2(差異分析)...
IP屬地：山東
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RNAseq轉(zhuǎn)錄組分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2
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國(guó)家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心（NGDC）---組學(xué)原始數(shù)據(jù)如何上傳GSA前言 在發(fā)表文章之前我們需要將測(cè)序的原始數(shù)據(jù)上傳到一個(gè)公共庫(kù)，并在文中提供accession number，實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的公開(kāi)共享，這是國(guó)際慣例。以前我們上傳數(shù)據(jù)時(shí)只能上傳到美國(guó)...
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討厭又迷人的reads去重復(fù)在NGS分析入門(mén)階段，我們不需要考慮太多的細(xì)節(jié)，只用知道一個(gè)分析的大致流程并完整跑下來(lái)即可。太多的細(xì)節(jié)，只會(huì)讓我們對(duì)于分析產(chǎn)生莫須有的恐懼，因此一些“無(wú)關(guān)緊要“細(xì)節(jié)就被我們刻...
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整合QC質(zhì)控結(jié)果的利器——MultiQC一、MultiQC介紹 NGS技術(shù)的進(jìn)步催生了新的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、分析類(lèi)型和極高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的生成。對(duì)于這些數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估，每一步分析結(jié)果的評(píng)估是后續(xù)結(jié)果可信度的衡量和保障。不少生...
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MCScanX安裝與使用 (2022)為什么要寫(xiě)這篇文章：最近因?yàn)樾枰玫組CScanX畫(huà)兩個(gè)物種的共線(xiàn)性點(diǎn)圖，但是發(fā)現(xiàn)搜到的blog中所提供的安裝方法都不太相同，且在都會(huì)出現(xiàn)或多或少的問(wèn)題，另外搜到的所有blo...
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「 bedtools 」提取上游+gene+下游序列
1、bed文件格式介紹 BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列必選;另外還可以添加額外的9列可選，這些列的順序是固定的(之前一直以為時(shí)第...
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orthofinder分析泛基因組及可視化數(shù)據(jù)準(zhǔn)備GeneCount文件包含了所有同源基因組數(shù)目不為1的所有基因組，在各個(gè)樣本中的數(shù)目；UnassignedGenes文件則包含了僅包含一個(gè)基因的同源基因組的樣本來(lái)源信...
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啟動(dòng)子預(yù)測(cè)軟件匯總
啟動(dòng)子預(yù)測(cè)軟件 Softberry：http://linux1.softberry.com/all.htm UCSC: http://genome.ucsc.edu/ EP...
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利用TransDecoder提取轉(zhuǎn)錄本CDS、UTR序列
前言：在對(duì)miRNA進(jìn)行靶標(biāo)預(yù)測(cè)分析時(shí)，需要特定物種的轉(zhuǎn)錄本作為靶向的數(shù)據(jù)庫(kù)。通常對(duì)miRNA預(yù)測(cè)以3'UTR區(qū)域?yàn)橹鳎@就需要對(duì)轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行UTR區(qū)域的提取。我在之前寫(xiě)...
