2016年夏，我進入到Genentech公司進行實習，這是一家在南舊金山的世界上最大的生物制藥公司。公司在2009年被羅氏收購，目前是羅氏在北美的研發總部。Genentech...
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IP屬地：賓夕法尼亞州
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在世界頂尖制藥公司實習是一種怎樣的體驗
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2019年，我在斯坦福一年后，離開了學術界
2019年第一天，我載著大寶和豆包以及剩余家當從洛杉磯搬到灣區。我們住的房子，由于客廳住著房東，常年是不開燈的，我們需要摸黑走過狹長的走道，到達自己的墻壁已經有些斑駁的房間。...
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用conda來安裝大部分python/R/JAVA的軟件包
昨天發現了神器multiqc來整合分析一個目錄下所有文件的quality control結果，今天來試著裝了一下。 然后又發現了conda這個使得生活更美好的package ...
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ChIP-Seq/ATAC-Seq/DNAse-Seq的一站式質量控制和分析流程這兩天在總結標題中三種組學方法的分析流程，看到了ENCODE在去年公開的分析流程，感覺像撿到了寶貝一樣。一個分析流程是針對ChIP-Seq的，包括轉錄因子和組蛋白修飾，鏈接在...
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RNASeq的分析流程軟件
之前一直用的是Tophat + Htseq-count + Deseq2的分析組合來做rnaseq的回帖，確定基因表達量，以及做差異基因的分析。 但是，tophat已經是比較...
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用GOsemsim包來比較不同gene或者gene set之間的相似性
有時候會有這樣的分析需求，拿到兩個基因，或者兩個基因list，雖然它們是不同的基因的，但是可以提一個問題，它們之間的功能注釋上有沒有相似性呢？ 特別是，我以前比較兩個基因Li...
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用clusterprofiler包來做基因富集性分析
Gene ontology enrichment analysis可能是現在生物信息學里面最常用的分析。以前我一般都是用DAVID這個在線工具來做。但是用DAVID有三個主要...
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生物信息學常用的R語言包
org.Hs.eg.db This is a package for genome-wide annotation for human, have entrez ID, en...